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居民企业境外所得不同，税收抵免方式有别
根据我国企业所得税规定，年度结算后，居民企业应就其全年全部所得包括境外所得，进行汇算清缴，计算缴纳企业所得税。但是，居民企业来源于境外的应税所得已在境外缴纳的所得税，可以从其当期应纳税额中抵免，抵免限额为该项所得依我国税法规定计算的应纳税额；超过抵免限额的部分，可以在以后5个年度内，用每年度抵免限额抵免当年应抵税额后的余额抵补。
分国别不分项计算抵免限额
《财政部、国家税务总局关于企业境外所得税收抵免有关问题的通知》（财税[2009]125号）第八条规定，企业应按照《企业所得税法》及其实施条例和本通知的有关规定，分国（地区）别计算境外税额的抵免限额。某国（地区）所得税抵免限额＝中国境内、境外所得依照企业所得税法及实施条例的规定计算的应纳税总额x来源于某国（地区）的应纳税所得额÷中国境内、境外应纳税所得总额。
例：某居民企业在A国从事经营活动，产生所得100万元，缴纳税收40万元，分回60万元。现我国税前所得为200万元，国内税率25%.来自A国所得税收抵免限额计算：抵免限额=300x25%x100÷300=25（万元）。由于该项所得在A国实际缴纳税收为40万元，因此只可以抵免25万元，该居民企业应在我国缴纳所得税额为50万元（300x25%－25）。A国缴纳40万元抵免25万元后，剩余可抵免税收余额15万元，可以向以后5个年度按规定结转抵扣。
间接税收可以抵免
《企业所得税法》及其实施条例同时规定，居民企业从其直接或者间接控制的外国企业分得的来源于中国境外的股息、红利等权益性投资收益，外国企业在境外实际缴纳的所得税税额中属于该项所得负担的部分，可以作为该居民企业的可抵免境外所得税税额，在规定的抵免限额内抵免。直接控制，是指居民企业直接持有外国企业20%以上股份。间接控制，是指居民企业以间接持股方式持有外国企业20%以上股份。
根据财税[2009]125号文件规定，由居民企业直接或者间接持有20%以上股份的外国企业，限于符合以下持股方式的三层外国企业：*9层：单一居民企业直接持有20%以上股份的外国企业；第二层：单一*9层外国企业直接持有20%以上股份，且由单一居民企业直接持有或通过一个或多个符合本条规定持股条件的外国企业间接持有总和达到20%以上股份的外国企业；第三层：单一第二层外国企业直接持有20%以上股份，且由单一居民企业直接持有或通过一个或多个符合本条规定持股条件的外国企业间接持有总和达到20%以上股份的外国企业。
如，中国居民企业A直接控制甲国B企业50%股份，B企业直接控制乙国C企业50%股份。对于上述国外B企业和C企业是否符合间接抵免条件呢？首先，B企业直接被A公司控股50%、符合间接抵免*9层公司的持股条件。其次，C企业被符合条件的上一层公司B控股50%，且被居民企业A间接控股达到25%（50%x50%），因此，属于符合间接抵免持股条件的公司。
根据《国家税务总局企业境外所得税收抵免操作指南》（国家税务总局公告2010年第1号）规定，居民企业取得的境外投资收益实际间接负担的税额，其计算公式如下：本层企业所纳税额属于由一家上一层企业负担的税额＝（本层企业就利润和投资收益所实际缴纳的税额+符合本通知规定的由本层企业间接负担的税额）x本层企业向一家上一层企业分配的股息÷本层企业所得税后利润额。
例：中国居民企业A直接控制甲国B企业50%股份，B企业直接控制乙国C企业50%股份。如B公司应纳税所得额为700万元，另有来自C公司的投资收益为300万元，按10%缴纳C公司所在国预提所得税额为30万元，实际分回270万元。同时，如C公司税率为25%，税前所得为800万元，已纳税200万元，税后利润为600万元，按50%比例分回给B公司300万元。
计算分析：C公司分给B公司50%税后所得300万元，应由B企业负担的税额为：（200x300÷600）=100（万元）。B公司分得C公司税后所得还要缴纳10%预提所得税30万元，实际税后所得为270万元，还原税前所得为400万元，已纳税130万元。因B公司税率为30%，分得所得400万元应纳税120万元，已纳税130万元，不再补税。
B公司本国所得700，按规定缴纳所得税210万元。则总计税后利润为760万元（700-210+270），假设全部分配，则中国居民企业A按其持股比例50%分配380万元。
A公司从B公司分得股息间接负担的可在我国应纳税额中计算抵免的税额为：（210+130）x（380÷760）=170（万元）。
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