海关进口增值税抵扣期限为自开具日起的180日。
1、根据国税函[2009]617号《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》第二条第一款的规定：实行海关进口增值税专用缴款书(以下简称海关缴款书)“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》(包括纸质资料和电子数据)申请稽核比对。
2、纳税人收到海关进口增值税专用缴款书，需在税务局网站“首页 > 办税服务 > 办税服务 > 软件下载 > 认证抄税”中下载“通用税务数据采集软件v2.40”，通过该采集软件采集海关增值税专用缴款书的数据，点击软件内“正式申报”生成数据文件。纳税人须向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》电子数据申请稽核比对，也可直接通过网上办税大厅上传数据，稽核比对相符才能抵扣。
3、稽核结果通知书中稽核结果为相符的海关缴款书应在当月申报期申报抵扣，逾期不予抵扣。
4、根据国家税务总局 海关总署公告[2013]31号文《国家税务总局 海关总署关于实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法有关问题的公告》的规定：海关缴款书开具当月申请稽核的，稽核期为申请稽核的当月、次月及第三个月。海关缴款书开具次月申请稽核的，稽核期为申请稽核的当月及次月。海关缴款书开具次月以后申请稽核的，稽核期为申请稽核的当月。
进口增值税抵扣流程
一、实行海关进口增值税专用缴款书（以下简称海关缴款书）“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（包括纸质资料和电子数据）申请稽核比对。
二、由于海关传递海关缴款书数据时限一般在缴款成功后10-25个工作日，我公司需先在电子口岸确认抵扣经营单位，客户先不要急上传海关缴款书。（最好在缴款书日期后25个工作日之后才上传比对）。
三、纳税人应按要求完整规范采集海关缴款书 海关缴款书号码在通关系统中共有22位，可抵扣的海关缴款书号码第20位必须是“L”。纳税人在采集海关缴款书时号码应完整规范录入，其中：数字、字母、符号以半角录入；大写英文字母“L”在内的22位号码必须填写完整；其中“—”不能以“/”代替；英文字母“L”一律为大写；通关系统开具的海关缴款书号码上行打印的括号和四位日期不属于缴款书号码，不应录入；开票日期应录入票面填发日期；如企业取得同一号码多张海关缴款书，税额应按末张海关缴款书最后一栏合计数录入。
四、纳税人可自行通过网上电子申报系统查询海关缴款书稽核结果查询方法，应先选择海关缴款书上报月份然后再点击“稽核管理——查询比对结果”。具体操作请看《网上申报海关缴款书稽核操作说明》或咨询税务局技术服务公司。纳税人应注意网上比对查询方法避免由于操作错误导致错过抵扣期限造成损失。
增值税发票的抵扣时间是多少天？
增值税专用发票进项抵扣认证时间是180天。
《国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》（国家税务总局公告2017年第11号）：十、自2017年7月1日起，增值税一般纳税人取得的2017年7月1日及以后开具的增值税专用发 票和机动车销售统一发 票，应自开具之日起360日内认证或登录增值税发票选择确认平台进行确认，并在规定的纳税申报期内，向主管国税机关申报抵扣进项税额。
增值税一般纳税人取得的2017年7月1日及以后开具的海关进口增值税专用缴款书，应自开具之日起360日内向主管国税机关报送《海关完税凭证抵扣清单》，申请稽核比对。
纳税人取得的2017年6月30日前开具的增值税扣税凭证，仍按《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函〔2009〕617号）规定的自开具之日起180天内认证的规定执行。