任何事物的本质都是通过这一事物不同于其它事物的特点而反映和体现的。股份制和合作制的本质区别如下：
一、合作的主体不同、目的不同、经营范围不同
股份制是强者的联合、资本的合作，合作制是弱者的联合、劳动者的合作。前者的目的是资本的增殖，后者的目的是为自身服务。因此经营范围也不同，股份制的经营范围是能够给食利阶层带来回报的项目，合作制的经营范围是社员的经济和社会需要，如消费合作社、住房合作社、医疗合作社、文化活动合作社、咨询合作社、保险合作社等十分广泛的领域。弱势群体的经济和社会的需求都可以通过合作社的方式得以解决。
二、治理结构不同
股份制是三权分立，即法人所有权由董事会执掌，股东利益由股东大会体现，经营权由经理班子运作。“三权分立”有利于企业法人对企业资产享有排它的、完全的经营权，有利于管理的专业化，有利于建立有效的利益机制和制约机制，有利于实现投资者资本增殖的目的。合作制是两权结合的，社员既是所有者，又是经营者。当合作社规模扩大时，就要分而治之，这时即使所有者不经营，即所有权和经营权分离，所有者通过内部的制约机制，对经营者的控制也是牢固的，使其始终不能偏离为社员服务的宗旨。
三、产权结构不同
股份制企业的产权是多元的，并实现了产权商品化、证券化、市场化，从而打破了资本的凝固状态，为大企业的发展创造了资本筹集，优化重组的机制。合作制的产权结构是比较单一的，且股本不能流通只能退出，社员认为自己不需要合作社的服务，或合作社不能满足自身需要时就可以退社，反映了合作社的自我服务的目的。
股份制是现代市场经济所有制的一种具体实现形式，不能笼统地讲是公有还是私有，关键看控股权掌握在谁手中。合作社是混合所有制，合作社资本既有属于社员个人的股金，又有公积金形式的公共积累，这是属于合作社不可分割的集体财产。尽管从这个意义上讲，股份制产权关系更清晰。但是，合作社虽然有一部分集体资产为社员共有，但在一个法制健全的市场经济国家，合作社的集体资产任何人不能侵犯。集体资产的存在，壮大合作社实力，强化服务功能，对合作社每个社员都是有利的。合作社还有相当的监督机制对集体资产的完整性进行监督。
四、股金的性质不同
二者虽然都有入股形式，但股份制的股金是资本，合作制的股金是“入社门票”。股份制的股金可以凝聚大量资本，可以开发单个资本不可能开发的巨大项目，股东之间的股份差额很大。因此，股东对企业的责任差别很大，权力差别很大，利益差别也很大。合作制的股金具有均齐性和有限性，合作社社员不因股金的差别而有地位的差别，这是由合作社的性质所决定的。
五、分配关系不同
分配关系体现了企业发起人的初衷和企业运转的目的。因此，股份制是同股同利，按股分红。合作制则是以劳动分红为主，股金分红为辅，即主要按社员和合作社的交易额返还利润。两种制度分红的依据不同，体现了资本在股份制中的力量，劳动在合作制中的地位。
六、管理方式不同
股份制企业一股一票，合作社一人一票，二者都是平等的，只是平等的依据不同，前者强调资本的权力，后者强调劳动者的权力。市场经济下，资本的投入是经济活动的*9动力，大的投资者为了得到大的回报，要求相应的决策权，是合法、合理、合情的事。一股一票正是保障投资者利益的有效机制。一般来说，持 “大股”者多数是能人，他们不仅有较大的责任感，而且有更深远的谋略，赋予他们更大的权力，也是经济活动达到预期目标的有力保证。世界范围内股份制形式的成功就是对一股一票制的肯定。合作制的一人一票也无可非议。因为合作社为社员服务是其*10宗旨，每个社员对合作社重大事项都有参与决策的权力，这是合作社的特性要求。
七、在社会经济中地位不同
通常说的股份制是指现代公司制度，股份有限公司和有限责任公司是现代公司制的主要的企业组织形式，也是市场经济主流的组织形式。而合作制是市场经济的重要组织形式，但是属于非主流的组织形式。正因为如此，股份制为世人所知，在有些国家和地区对合作制的认识还有不足。所以国际合作社联盟号召，要向社会名流和青年人宣传合作社。
八、适用领域不同
由于联合的主体不同、目的不同、地位不同，因此，两种企业制度的适用领域也有差别。虽然在经营领域上没有严格的限制，但在生产领域，股份制广泛存在于技术密集、有机构成高、规模大的企业，而合作制更普遍的存在于劳动密集型的第三产业、农业、手工业。因为，社会化大生产的发展趋势需要一种足以承担大型项目如开发运河、修筑铁路、高新技术、金融业的组织形式，股份制巨大的动员和凝聚社会财富的功能为大企业、跨国公司形成了胜任的微观基础。
合作制在农业领域的作用是其他任何企业制度无法替代的。由于农业布局上的广延性、时间上的季节性、种植上的灵活性、对自然条件的依赖性、再生产周期长等特点，选择了家庭经营。同时产生了信息不畅，运输成本高，供给弹性小和家庭经营的规模不经济、组织化程度低、服务功能差，就使农业难于战胜自然和市场风险。而合作社这种组织形式恰恰一方面适应了农业对家庭经营的选择，另一方面，又克服了家庭经营的局限性，实现了千家万户分散的小生产和大市场的对接，实现了农业生产组织的社会化和管理的民主化、科学化。
从手工业生产看，如制革、酿酒、维修、家俱制造等行业，都有很强的手工技艺性，很严格的原料选择要求。不可能由社会化大生产方式完全替代，甚至需要维持较小的生产规模，以保证技术的完整，产品的质量和特色。合作社的组织形式就能满足手工业生产者对原材料采购和产品销售等方面的需要。
九、组织体系不同
股份制内部是股东大会、董事会、经理，合作制是理事会和监事会、社员代表大会，反映了二者企业性质的差别。合作社因为是以地缘、亲缘关系结合起来的组织，有利于为自身服务，但基层功能十分有限。因此，合作社自愿的自下而上的联合就是世界合作社约定俗成的联合形式。股份制的联合则是多维的，可以平行联合也可以纵向联合。
十、开放程度不同
股份制可以自由入股和自愿转让，即用“脚”投票转让股权。合作制是入社自愿和退社自由。一方面反映了合作社社员的自主性和选择性，另一方面又不利于合作社的资本规模的稳定和规模的扩大，这是因为合作社并不是社员利润的*10源泉，合作社是独立经济主体间的不完全联合。