系统导向审计和风险导向审计均研究和评价内部控制，或以此为导向性目标，或以此为导向性目标的重要考虑对象。因此，二者在审计程序和概念方面有许多相似之处，同时也容易导致在审计准则制定和审计教材的编写方面概念的模糊不清。为规范相关审计概念，完善审计理论，必须了解二者的区别。
两种审计导向模式的区别主要是：
①导向性目标不同。系统导向审计以内部控制制度（主要是内部会计控制）的评价为基础，确定其可信赖程度，并据以确定审计的重点、范围和方法；风险导向审计以评价审计风险为基础，并据以确定审计的重点、范围和方法。风险导向审计模式涉及固有风险、控制风险、可接受审计风险、检查风险的评估和计算。
②研究和评价的对象——内部控制的概念及范围不同。系统导向审计模式使用的概念是内部控制制度，其内容是传统的二分法因素，主要关注内部会计控制；风险导向审计模式使用的概念是内部控制结构，其内容先是三分法因素，进而又发展为五分法因素。
③审计测试的内容不同。系统导向审计模式由两种测试构成；风险导向审计模式由五种测试构成。
④分析性程序和重要性的使用不同。系统导向审计模式较少使用分析性程序，一职称之为分析性复核，不涉及重要性概念及评估；风险导向审计模式广泛应用分析性程序，涉及重要性概念及评估。