在新的形势下，生产型增值税的弊端也越发明显：
1、不利于降低投资税负，影响经济增长。生产型增值税17%的税率相当于消费型增值税23%税率的负担水平，对扩大投资带来不利影响。
2、不利于促进产业结构调整和技术升级。生产型增值税加重了企业机器设备购置成本，抑制了企业技术改造和设备更新的积极性，特别不利于基础产业和资本、技术密集型产业的发展。
3、不利于提高国内产品的竞争力。生产型增值税导致对进口产品征税不足、对出口产品退税不足，既不利于国内产品开拓国际国内市场，也不利于扩大进口替代产品的生产。
4、不利于公平内外资企业之间增值税税负。现行税制对外商投资企业在投资总额内购买国产设备准予退还已缴纳的增值税，对部分进口设备实行免征进口环节增值税，实际上相当于给予了部分外资企业和进口设备消费型增值税的待遇，从而使内资企业和国内生产的设备处于不利的竞争地位。
5、不利于税收管理成本的降低。实行“生产型”增值税，企业必须将可抵扣的购进货物、劳务与不可抵扣的购进货物、劳务分开，使计算变得复杂，也增加了税务机关审查的工作量，既提高了税务机关的征收成本，也提高了纳税人的奉行成本。