停工损失是季节性和日常修理过程中发生的，这个是可以作为成本入账的。如果因为政府要求的停工损失，这是非正常状态下发生的，计入营业外支出。
关于发票的问题。
《发票管理办法》第二十条 销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应向付款方开具发票；特殊情况下由付款方向收款方开具发票。
第二十一条 所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项时，应当向收款方取得发票。取得发票时，不得要求变更品名和金额。
由于不是销售、提供服务等经营活动的行为，所以不需要开具发票的。这个需要双方赔偿协议和支付凭证入账的。