施工企业的工程合同收入和工程合同费用分别通过“主营业务收入”和“主营业务成本”这一对科目进行核算。这两个科目应按施工合同设置明细账，进行明细核算。期末，应将这两个科目的余额转入“本年利润”科目，结转后这两个科目应无余额。
如果工程施工合同的结果能够可靠地估计，企业应当根据完工百分比法在资产负债表日确认工程合同收入和工程合同费用。如果工程施工合同的结果不能够可靠地估计，应当区别情况处理：若合同成本能够收回的，工程合同收入根据能够收回的实际合同成本加以确认，合同成本在其发生的当期确认为工程合同费用；若合同成本不能够收回的，不能收回的金额应当在发生时立即作为工程合同费用，不确认收入。
按规定确认工程合同收入和工程合同费用时，按当期确认的工程合同费用，借记“主营业务成本”科目，按当期确认的工程合同收入，贷记“主营业务收入”科目，按其差额，借记或贷记“工程施工一合同毛利”科目。
合同完工确认工程合同收入、费用时，
借：主营业务成本
（累计实际发生的合同成本减去以前会计年度累计已确认的工程合同费用后的余额）
贷：主营业务收入
（实际合同总收入减去以前会计年度累计已确认的工程合同收入后的余额）
借记或贷记“工程施工——合同毛利” （差额）
同时，按相关工程施工合同已计提的预计损失准备
借：存货跌价准备—合同预计损失准备
贷：管理费用
“拨付所属资金”、“上级拨入资金”和“内部往来”等科目。