销售毛利率是用企业当期销售收入减去销售成本得出销售毛利润，除以当期销售收入得出来的，反映企业销售盈利能力指标之一；增值税税负率是企业当期应纳增值税额除以当期应税销售收入得出来的。比如某企业商品采购成本80万元，销售价格100万元，则该商品销售毛利率为20%，如果该货物适用增值税税率17%，不考虑其他抵扣因素，则增值税税负率为3.4%，由此可见，销售毛利率与增值税税负率理论上是密切的正相关。目前，部分税务机关将销售毛利率与增值税税负率变动对比作为一项重要的税收风险进行预警。但现实中却出现了不少增值税税负率偏离销售毛利率的情况。下面，笔者将结合增值税税负率偏离销售毛利率的影响因素来做简要分析。
因素一：存货增减变动。销售毛利率在计算过程中的销售成本，在会计上是根据权责发生制计算来的，主要为了收入与成本配比，而增值税计算中的应纳税额是根据销项税额减去当期实际抵扣税额得来的，当期抵扣的进项税所对应的货物并不一定当期销售，由此产生了增值税税负率偏离销售毛利率的情况。比如某商业企业当期销售收入100万元，销售成本80万元，实际采购90万元，期末增加库存10万元，如果该货物适用增值税税率17%，不考虑其他抵扣因素，则该企业当期的销售毛利率为20%，而增值税税负率却为1.7%，因此在分析增值税税负率应关注存货增减变动的影响，如前例，该企业当期实际增值税税负率1.7%，考虑到库存增加10万元对应的增值税进项税额1.7万元已经抵扣因素，还原为理论税负率仍为3.4%。再假设前述商业企业下期购进货物70万元，当期实现销售收入100万元，销售成本80万元，期末无库存，不考虑其他抵扣因素，则当期应纳增值税5.1万元，增值税税负率5.1%，而销售毛利率仍为20%，税负率上升是因为期初库存10万元在当期销售所致，考虑当期库存减少10万元因素，还原为理论税负率仍为3.4%。在分析当期增值税税负率时，应尽量剃除存货变动的影响，如果期末存货大于期初存货，则将期末存货对应的进项税额大于期初存货对应进项税额的差额部分视作当期已纳增值税进行分析；相反期末存货小于期初存货，则将期末存货对应的进项税额小于期初存货对应进项税额的差额部分从当期已纳增值税中扣除来进行分析。
在分析中，我们一般依赖企业资产负债表的存货数据来进行分析，但企业类型和核算上的差异，我们一定要对存货所对应的增值税进项税额进行深入分析，比如某一企业资产负债表上反映期初存货100万元，期末存货也是100万元，但存货所对应的增值税进项税额可能发生了变化，期初存货可能对应的进项税额是17万元，但期末存货可能是暂估入库的，没有对应的进项税额，则期末存货对应的进项税为0。在实际分析中，应根据期初、期末存货明细账来计算对应的进项税额，但在计算上要注意分析每种存货的价值构成及相应的进项税情况，比如某水泥企业存货有烟煤300万元，会计核算中烟煤的价值包含煤的买价和运杂费等，而烟煤的买价进项税率为17%，但运费进项税率为7%，那么在计算时就不能直接用300万元乘以17%作为烟煤对应的进项税；再比如企业生产的产品价值中包含直接材料、直接人工及制造费用，直接材料应根据每种材料对应的进项税计算，直接人工则没有进项税，而制造费用比较复杂，修理费可能有进项税，折旧费因为固定资产一次抵扣，而在此则不予考虑。总之，在考虑期初期末存货对应的进项税时，估算应尽量与实际进项税额接近，这样分析更有说服力。
因素二：固定资产抵扣。自2009年1月1日起，我国增值税由生产型转为消费型，机器设备等固定资产的进项税额允许一次抵扣，但计算销售毛利率时，生产设备的价值是通过计提折旧的方式分期转入成本的，由此也会产生增值税税负率偏离销售毛利率的情况。由于固定资产抵扣具有数额大且发生次数不多的特点，在做增值税税负率分析时，我们可以将当期实际抵扣的固定资产进项税单独剔除出来后，再做分析。
因素三：销售结构的影响。增值税税负率在计算上采用当期应纳税额除以当期应税销售收入得出，现实中，可能存在产品销售毛利率差异不大，但产品税率存在差异的情况，如部分产品17%税率，部分产品13%税率，如果产品销售结构发生变化，则计算出的增值税税负率也会发生变化。即使税率相同的几种产品，但产品生产所用材料进项税率存在差异或成本结构有差异，也会导致不同的产品产生不同的增值税税负率，如果产品销售结构发生变化，也会影响当期增值税税负率。
因素四：进项税额取得情况。当前增值税一般纳税人的购进对象多样化，即有一般纳税人，也有小规模纳税人，还有营改增试点纳税人，这样取得进项税额的情况也就复杂化，可能同一种材料即有取得17%税率的进项税，也有取得代开3%的进项税，还有可能没有取得进项税；同样是运输费用，可能取得有7%的进项税，也可能取得11%的进项税等。在这种情况下，可能成本上没变化，但由于供货方的变化，导致增值税税负率发生了变化。
因素五：留抵税额的影响。留抵税额是已经作为当期进项税额，但在当期又没能实际抵扣而形成，或上期结转而来的。由于在计算应纳税额时，留抵税额跨期结转计算，这样也与销售毛利率产生偏离。比如某商业企业上期销售收入100万元，销售成本80万元，期初期末均无存货，但其中购进20万元当期末才取得进项税票认证，当期未实际抵扣，如果该货物适用增值税税率17%，不考虑其他抵扣因素则该企业当期实际抵扣进项税额10.2万元，实际缴纳增值税6.8万元，期末留抵税额3.4万元，当期增值税税负率6.8%，销售毛利率20%，考虑留抵税额的影响，还原为理论税负率则为（68000-34000）/1000000=3.4%。假设下期购进80万元，取得进项税额13.6万元，销售收入90万元，销售成本72万元，期末库存8万元，则当期应纳税额为0，期末留抵税额1.7万元，这样计算出的增值税税负率为0，但如果考虑期末库存比期初库存增加8万元，其对应的进项税1.36万元已于当期抵扣，还有留抵税额期末比期初减少1.7万元，还原为理论税负率则为（0+13600+17000）/900000=3.4%与当期销售毛利率20%相吻合。
因素六：其他抵扣因素。销售利润的计算中，销售成本内容包含一个企业的绝大部分抵扣因素，但销售费用、管理费用中也可能会有抵扣的进项税额，营业外收入可能还会涉及销项税额，这些都影响增值税应纳税额的计算，即使销售毛利率不发生变动，但前述因素前后期发生变动也会影响增值税税负率。
因素七：会计信息质量因素。增值税应纳税额的计算相对来说比较简单，销项税额、进项税额等都比较好计算，而销售成本则在计算上比较复杂，发生差错的可能性较大，由此引发销售毛利率可能也发生错误，从而产生增值税税负率偏离销售毛利率。