个人所得税扣缴手续费在个人所得税收入申报并结报票款后，即可向税务机关申请代扣代缴2%手续费，税务机关经过审核、审批后，即可支付。对不能及时支付的，应予说明。
按照《财政部 国家税务总局 中国人民银行关于进一步加强代扣代收税款手续费管理的通知》规定：因税务机关原因，未领或少领扣缴手续费的单位，有权要求税务机关按照规定及时支付。
因扣缴单位原因，三年不到税务机关领取手续费的，税务机关将停止支付手续费。您可以按照上述规定申请支付扣缴手续费。
个税手续费返还用交增值税吗？
企业在生产经营业务中，在向个人支付工资薪金、劳务费、股息红利等所得时，需要代扣代缴个人所得税，这个义务是法定的，企业无法回避。因为《个人所得税法》第八条规定:“个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人”。在企业履行代扣代缴义务后，税务机关会按年度支付企业手续费，因为《个人所得税法》第十一条规定：“对扣缴义务人按照所扣缴的税款，付给百分之二的手续费”。那么企业取得这笔手续费收入如何进行税务处理呢?
关于营业税问题
先来看一下相关的政策规定：
1、《国家税务总局关于印发<营业税税目注释(试行稿)>的通知》 (国税发[1993]149号)规定：代理业，是指代委托人办理受托事项的业务，包括代购代销货物、代办进出口、介绍服务、其他代理服务。其他代理服务，是指受托办理上列事项以外的其他事项的业务。
2、《国家税务总局关于代扣代缴储蓄存款利息所得个人所得税手续费收入征免税问题的通知》规定：根据《国务院对储蓄存款利息所得征收个人所得税的实施办法》的规定，储蓄机构代扣代缴利息税，可按所扣税款的2%取得手续费。对储蓄机构取得的手续费收入，应分别按照《中华人民共和国营业税暂行条例》和《中华人民共和国企业所得税暂行条例》的有关规定征收营业税和企业所得税。
3、《广西壮族自治区地方税务局关于企业代扣代缴个人所得税取得手续费收入纳税问题的函》规定：企业代扣代缴个人所得税取得手续费收入应缴纳营业税。
4、《广东省地方税务局关于代扣代收和代征税款手续费收入征收营业税问题的批复》规定：对单位和个人履行代扣代缴、代收代缴税款义务，或者接受委托代征税款，所取得的手续费收入，应照章征收营业税。
5、《 国家税务总局关于做好中国石油化工集团公司税收风险管理后续工作的通知》规定：“(一)统一政策执行口径 经税务总局各相关司共同研究，根据现行税法，部分税政问题按如下口径统一执行：
3.营业税方面 (1)代收代缴或代扣代缴个人所得税、消费税、预提所得税手续费收入应征收营业税。 (2)股份公司总部将自有资金(不含下属分、子公司资金)提供给成员企业使用收取的利息，应征收营业税。”
根据上述规定，企业提供的代扣代缴个人所得税税款行为，被界定为属于提供“服务业——代理业”应税劳务，应该交纳营业税。
如何网上申请代扣代缴个税手续费返还？
1 进入地方税务局电子税务局，点击办税服务，选择申办事项。
2 办事项下拉网站中选择涉税事项申请，事项类型选择手续费。
3 名称选择代扣代缴手续费，点击确认。
4 次进入手续费申请经办人和联系电话是申请人自己录入的，第二次进行手续费申请时会默认带出第一次提交时录入的经办人和联系电话。
5 开票期起默认带出上次提取手续费得时间，若是上次提取手续费得时间离当前时间超过三年，则按当前时间倒推三年时间来提取手续费。
6 征收方式：代扣代缴，委托代征，代收代缴，点击【查询】。
7 提交即可，点击【提交】合计值为负数，则不可提取手续费，因有退抵税。为正数，才可提取。
8 信息后点击确认。