我们先来看下税收法规相关规定：
《征收个人所得税若干问题的规定》国税发（1994）89号规定：下列不属于工资、薪金性质的补贴、津贴或者不属于纳税人本人工资、薪金所得项目的收入，不征税：（1）独生子女补贴；（2）执行公务员工资制度未纳入基本工资总额的补贴、津贴差额和家属成员的副食品补贴；（3）托儿补助费；（4）差旅费津贴、误餐补助。公司按出差天数每天补助100元符合文件第（4）条规定，不需代扣代缴个人所得税。
《企业所得税法》规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。纳税人申报的扣除要真实、合法。真实是指能提供证明有关支出确属已经实际发生的适当凭据；合法是指符合国家税收规定，其他法规规定与税收法规规定不一致的，以税收法规规定为准。城市间交通费、住宿费凭票报销符合规定，可以在税前列支。
目前国家尚未明确出差补贴所得税前扣除的具体规定，我们可以按会计和税法处理的三原则“税法优先原则、税法协调原则、税法空白原则”进行处理。国家税务总局公告2012年第15号《关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》规定：关于税前扣除规定与企业实际会计处理之间的协调问题，根据《企业所得税法》第二十一条规定，对企业依据财务会计制度规定，并实际在财务会计处理上已确认的支出，凡没有超过《企业所得税法》和有关税收法规规定的税前扣除范围和标准的，可按企业实际会计处理确认的支出，在企业所得税前扣除，计算其应纳税所得额。
通过以上分析可知，如果差旅费补贴替代了部分费用（如市内交通费、餐费、通讯费等）且与实际相比没有明显偏高，应当可以所得税前列支并且不需要交纳个人所得税；如果所有费用据实报销，所谓“补助”为净得，不可以直接税前扣除，视同工资扣除，交个税。
为规范企业差旅费的报销管理，提高税法准遵从度，对于差旅费的报销企业还应注意以下事项：
1) 根据企业的实际情况，制定差旅费报销管理制度，可以参考财行（2013）531号中的《中央和国家机关差旅费管理办法》来制定。出差乘坐交通工具、住宿标准等，不得高于公司规定标准。
2) 审核差旅出行的安排，填写出差申请，经主管领导审批后方可出差，并可预借差旅费。
3) 住宿费应实行凭发票限额报销的方法，并按照实际出差住宿天数计算报销。
4) 交通费凭发票限额报销，并且发票内容和出差内容相一致，如：时间、地点等。
5) 差旅费报销时效仅限于出差人员回公司后规定的期限内进行报销，出差补助直接写在差旅费报销单上，按出差天数*补助标准填写。