《意见》明确，黑龙江、上海、福建、湖北作为试点地区自2016年10月1日起实施个体工商户“两证整合”，其他27个省（自治区、直辖市）及5个计划单列市自2016年12月1日起实施。
登记个体工商户只需提一次申请领一个执照
“两证整合”登记制度是指将个体工商户登记时依次申请，分别由工商行政管理部门核发营业执照、税务部门核发税务登记证，改为一次申请、由工商行政管理部门核发一个营业执照的登记制度。
通过个体工商户“两证整合”，实现公民只需填写“一张表”，向“一个窗口”提交“一套材料”即可办理个体工商户工商及税务登记，将由工商行政管理、税务部门分别核发的营业执照和税务登记证，改为由工商行政管理部门核发一个加载法人和其他组织统一社会信用代码（以下简称统一社会信用代码）的营业执照。同时，实现工商、税务部门的个体工商户数据信息实时共享。
黑龙江等4地10月1日起先行试点
《意见》确定黑龙江、上海、福建、湖北省（市）为试点地区。4个试点地区自2016年10月1日起实施个体工商户“两证整合”，工商行政管理部门向新开业个体工商户发放加载统一社会信用代码的营业执照。其他27个省（自治区、直辖市）及5个计划单列市自2016年12月1日起实施个体工商户“两证整合”。
“两证整合”后老证继续有效
《意见》明确，对2016年12月1日前成立的个体工商户申请办理变更登记或换照的，换发加载统一社会信用代码的营业执照。暂未取得加载统一社会信用代码营业执照的个体工商户，其营业执照和税务登记证继续有效。各地可以鼓励个体工商户主动换领加载统一社会信用代码的营业执照，可以先行赋予统一社会信用代码并建立与原管理代码的映射关系。但是，要充分尊重广大个体经营者的意愿，不得组织对“两证整合”前登记的个体工商户强制换照。
已领取加载统一社会信用代码营业执照且在税务机关办理涉税事项的个体工商户申请注销登记，应当向登记机关提交税务机关出具的《清税证明》。
“一张表” “一个窗口” “一套材料”
《意见》提出，按照“保留必需、合并同类、优化简化”的原则，整合优化申请、受理、审查、核准、发照、公示等程序，缩短登记审批时限。实行统一的登记条件、登记文书格式规范。申请人办理个体工商户注册登记时只需填写“一张表”，向“一个窗口”提交“一套材料”即可。工商行政管理部门受理申请并核准后，向个体工商户核发加载统一社会信用代码的营业执照，在国家企业信用信息公示系统进行公示，并与税务部门共享申请材料和审核信息，实现实时数据交换、档案互认。个体工商户的电子登记档案与纸质登记档案具有同等法律效力。
《意见》提出积极推进“两证整合”申请、受理、审查、核准、发照、公示等全程电子化登记管理，终实现“两证整合”网上办理。
整合后税务部门不再发放税务登记证
《意见》提出，根据相关法律法规和国家标准，建立统一登记流程、统一编码和赋码规则等，全面实行个体工商户“两证整合”登记模式。通过“一窗受理、互联互通、信息共享”，由工商行政管理部门核发加载统一社会信用代码的营业执照，该营业执照具有原营业执照和税务登记证的功能，税务部门不再发放税务登记证。税务机关在个体工商户办理涉税事宜时，确认统一社会信用代码等相关信息，进行税务管理。
整合后的营业执照各单位均要认可
《意见》明确，“两证整合”改革后，加载统一社会信用代码的营业执照具备原工商营业执照和原税务登记证的效力，各级政府部门、企事业单位及中介机构等均要予以认可。
推进个人网商登记
《意见》提出，研究、探索对个人网商等新型市场主体依法登记问题，稳妥推进个人网商登记工作，实现线上线下统一登记、一致监管、公平纳税。