《通知》强调，这次清理工作的对象是连续两个年度未依法报送年度报告且未进行纳税申报的企业。清理的方式包括督促补报年度报告、纳税申报、变更企业登记事项、吊销营业执照等。
《通知》要求，各级工商、市场监管部门（以下简称工商部门）要对连续两个年度未年报企业进行认真梳理，摸清底数，通过发布通知公告、到登记的住所或经营场所现场检查等方式，逐一核实情况，依法开展清理工作。工商部门将连续两年未年报企业信息送税务部门，税务部门将连续两年未报税企业信息送工商部门。
《通知》要求，对于被列入清理范围的企业，在核实情况的基础上，分类规范处理。一是对于通过登记的住所或经营场所能够取得联系的企业，要督促其及时履行法定义务。二是清理对象存在已办理清算备案或已进入破产程序等情形的，可以从清理范围中剔除。三是对于长期未开展经营活动、经现场检查在其登记的住所或经营场所无法取得联系，且连续两年未报税的公司，工商部门依据《公司法》第二百一十一条规定依法吊销其营业执照。属于“三证合一、一照一码”改革前设立的企业，税务部门可以依据《税收征收管理法》第六十条规定依法提请工商部门吊销其营业执照。
《通知》要求，各地严格依法行政，积极稳妥有序地推进清理工作。根据实际情况，对被列入清理范围的企业进行提示性公告，警示相关违法后果。对长期未开展经营活动的企业依法实施吊销营业执照行政处罚的，要严格按照《工商行政管理机关行政处罚程序规定》《工商行政管理机关行政处罚案件听证规则》的要求执行。证据方面，除了连续两年未报送年度报告、在登记的住所或经营场所无法取得联系的现场检查记录、连续两年未报税证明等必要证据外，还可以根据本地区实际情况，收集未更换新版营业执照、未办理工商联络员备案、未按规定缴纳社会保险、银行基本账户半年内未有资金流动记录等其他证据。对长期未开展经营活动的企业依法实施吊销营业执照行政处罚的，相关法律文书可以直接在企业信用信息公示系统上公告送达，并在工商部门门户网站上公示。通过企业信用信息公示系统公告的，相关法律文书应在公示系统公告栏和企业名下同时公告。
《通知》指出，长期停业未经营企业过多，挤占了社会资源，增加了行政成本，导致企业数据失真，不利于政府掌握地方经济实际情况，影响政府客观科学决策。各地要深刻认识做好清理工作的重要意义，制定具体方案，精心组织，周密实施。要注重加强业务培训工作，确保清理工作公平规范开展。要建立有效的宣传工作机制，通过多种方式加大对社会公众的宣传力度，争取社会各界更多的理解和支持，引导企业承担责任，强化社会监督。