独立核算分公司的税务处理
1、对于分公司等分支机构，只要符合独立核算的条件，应单独申报缴纳企业所得税，适用经营所在地的企业所得税税率。
2、计税时，分公司和总公司应分别适用所在经营地的适用税率。
3、分公司作为独立纳税人，经营期间形成的年度亏损在确定总公司的年度应税所得时不能抵减，其注销前形成的累计经营亏损在总公司账面反映为无法收回的其他应收款或应收账款
4、总机构、分支机构不在同一征收区域的商业企业，不论其何时开业，一律按属地原则征税。跨征收区域的商品调拨，按《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第四条“视同销售”处理。同一征收区域内的总机构、分支机构可以汇总纳税，也可分别纳税。
拓展阅读：分公司怎么建账？
分公司是非独立法人，属于总公司的一个分支机构，利润是什么样子就按照什么反映。
由于分公司是总公司的分支机构，整个公司的业务实际是总公司汇总计算。也就是说分公司的负利润是可以拿到总公司抵消总公司的正利润，并且减少所得税的。
可以参考一下经济法中的公司法章节关于分公司和子公司的区别。
如果发工资用的是总公司的钱的话，那该如何做账无处理？
1、计提工资福利等
借：成本费用等
贷：应付职工薪酬
2、收到总公司拨款：
借：现金或银行存款
贷：其他应付款——总公司
3、发放
借：应付职工薪酬
贷：现金等
总公司拨款给分公司，增加其他应收，月末总公司、分公司对账，其他应收和其他应付金额一致就可以了。以后撤销分公司，做调整分录抵消总公司的其他应收和分公司的其他应付。