首先是发行主体不同，公司债是由股份有限公司或有限责任公司发行的债券；企业债是由中央政府部门所属机构、国有独资企业或国有控股企业发行的债券。
在发行定价上，公司债采用核准制，由证监会进行审核，由发行人与保荐人通过市场询价确定发行价；企业债则是由发改委审核。
公司债可以一次核准，多次发行。根据证券法规定，股份有限公司、有限责任公司发债额度的最低限分别约为1200万元和2400万元；企业债审批后要求一年内发完，发债额不低于10亿元。
公司债的信用来源是发债公司的资产质量、经营状况、盈利水平等；企业债通过“国有”机制贯彻了政府信用，而且通过行政强制落实担保机制，实际信用级别与其他政府债券相差不大。