第一种方案是按照表面的理解，将企业承担的员工个人所得税、社保计入营业外支出。理由是：这部分支出并不是企业经营过程中应该负担的，按照相关法律规定应由个人负担，而且公司约定的薪资也不包括这一部分，所以不计入应付职工薪酬，而计入营业外支出。
第二种方案是将企业负担的个税、社保视同对职工的薪酬支出。理由是：“实质趋同”原理，个人部分由公司来交，等于变相给员工涨工资。这样的好处，就是工资账务处理正常化，坏处是个税上多交点。
以上的两种方案，我更倾向于第二种方案，而且企业为员工负担的个税和社保，本质上应该是对员工支付的一种薪酬，应将员工实际收到的工资作为税后工资，在缴纳个税、社保时将其还原成税前工资进行计算。
第二种方案的优越性还在于：
（一）使用第二种方案，企业负担的该部分支出可以税前扣除，而第一种方案不可以。根据《国家税务总局关于纳税人取得不含税全年一次性奖金收入计征个人所得税问题的批复》国税函[2005]715号的第三条规定：根据企业所得税和个人所得税的现行规定，企业所得税的纳税人、个人独资和合伙企业、个体工商户为个人支付的个人所得税款，不得在所得税前扣除。
（二）第一种方案减少了个人实际应缴纳的个税，会产生税务风险。
例：甲公司为北京地区的一家房地产开发企业，其职工王某2017年11月的工资、薪金收入为20000元，企业为其全额负担个人所得税以及个人应负担的社保、公积金，甲公司企业所得税率为25%。
第一种方案的做法如下：
计算应负担个人社保=20000×（8%+2%+0.2%）=2040（元）
计算应负担个人公积金=20000×12%=2400（元）
计算应负担个人所得税=(20000-2040-2400-3500)×25％-1005＝2010(元)。
账务处理：
计提应付职工薪酬时：
借：生产成本（制造费用、销售费用、管理费用等） 28600
贷：应付职工薪酬——工资薪金 20000
应付职工薪酬——社会保险 6200
应付职工薪酬——住房公积金 2400
支付工资薪金时：
借：应付职工薪酬——工资薪金 20000
营业外支出 6450
贷：银行存款 20000
其他应付款——个人负担社保 2040
其他应付款——个人负担公积金 2400
应交税费——代缴个人所得税 2010
缴纳社保、公积金和个税的会计分录与一般情况的处理相同，在此不再赘述。
第二种方案的做法如下：
由于2017年北京市的最高社保、公积金缴费基数为23118元，以税后工资20000元为基础推算税前工资，一定是高于23118的，适用25%的税率和1005的速算扣除数。
计算应负担个人社保=23118×（8%+2%+0.2%）=2358.03（元）
计算应负担个人公积金=23118×12%=2774.16（元）
以税后工资倒算税前工资X，X-2358.03-2774.16-【（X-2358.03-2774.16-3500）×25%-1005】=20000，求得税前工资=29292.19（元）。
计算应负担个人所得税=（29292.19-2358.03-2774.16-3500）×25%-1005=4160（元）
账务处理：
计提应付职工薪酬时：
借：生产成本（制造费用、销售费用、管理费用等） 39232.92
贷：应付职工薪酬——工资薪金 29292.19
应付职工薪酬——社会保险 7166.57
应付职工薪酬——住房公积金 2774.16
支付工资薪金时：
借：应付职工薪酬——工资薪金 29292.19
贷：银行存款 20000
其他应付款——个人负担社保 2358.03
其他应付款——个人负担公积金 2774.16
应交税费——代缴个人所得税 4160
比较：
（一）方案二比方案一多支付成本=39232.92-28600-6450=4182.92（元）
（二）方案二比方案一可实现节税=（39232.92-28600）×25%=2658.23（元）
虽然最终方案二比方案一付出的成本高出1524.69（4182.92-2658.23）元，但其实现了风险的规避。一般认为，个人所得税的计税依据为含税收入，不能以纳税人实际取得的收入计算应纳税额，应先将不含税收入换算成应纳税所得额，即含税收入，然后再计算应扣缴个人所得税。个人观点：建议企业在遇到此类情况时，执行方案二。