很多纳税人对于不具备法人资格的分支机构的不同的核算方式，理解为“独立核算”的分支机构需要独立纳税，“非独立核算”的分支机构不需要独立纳税，这是一个错误的认知。
一、分支机构的“独立核算”和“非独立核算”到底是怎么一回事？
“独立核算”是指分支机构单独对其业务经营活动过程及其成果进行全面、系统的会计核算。单独设置会计机构并配备会计人员，并有完整的会计工作组织体系。
“非独立核算”是指分支机构没有完整的会计凭证和会计账簿体系，只记录部分经济业务所进行的会计核算，全面核算任务由总机构完成。
分支机构采用“独立核算”或者“非独立核算”，是企业内部管理的要求，不是税务机关的要求。
二：“独立核算”和“非独立核算”的分支机构在税收管理上有什么不同？
有纳税人认为：“独立核算”的分支机构需要独立进行涉税申报，“非独立核算”的分支机构不需要独立进行涉税申报。
这种理解是错误的。正确的理解是：分支机构无论是否独立核算，在税收管理层面上完全一致，没有任何区别。其中：
1、增值税、消费税
这两个税种，在正常情况下，应该由分支机构独立申报缴纳。
对于符合特定条件的纳税人，经审批后，增值税可以由总机构汇总缴纳，分支机构按审批后的比例预缴(详见《财政部国家税务总局关于重新印发《总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法》的通知》（财税[2013]74号），后文详解)；
对于符合特定条件的纳税人，经审批后，消费税可以由总机构汇总缴纳，各分支机构不再缴纳(详见《财政部国家税务总局关于消费税纳税人总分支机构汇总缴纳消费税有关政策的通知》（财税[2012]42号），后文详解)。
以上规定，不区分分支机构是否“独立核算”，税务征管层面一视同仁。
2、个人所得税
《个人所得税法》第八条规定：“个人所得税以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人”。因此，分支机构的个人所得税的缴纳地点会不相同。理论上讲，“独立核算”的分支机构，个人所得税应该在分支机构所在地缴纳；“非独立核算”的分支机构的个人所得税，可能在分支机构所在地缴纳，也可能在总机构所在地缴纳，需要看工资由谁发放。
个人所得税的缴纳地点还有一个特殊规定。《国家税务总局关于建筑安装业跨省异地工程作业人员个人所得税征收管理问题的公告》（国家税务总局公告2015年第52号）规定：异地施工企业个人所得税一律由扣缴义务人向工程作业所在地税务机关申报缴纳。所以，对建筑施工企业分公司跨地区施工，即使工资由总机构发放，也必须由发放机构在工程所在地缴纳所代扣的个人所得税。
以上规定，不区分分支机构是否“独立核算”，税务征管层面一视同仁。
3、企业所得税
企业所得税，是纳税人对于“独立核算”和“非独立核算”出现理解偏差最多的一个税种。很多纳税人认为“独立核算”的分支机构需要独立完成汇算清缴工作，“非独立核算”的分支机构不必要独立完成汇算清缴工作。
正确的认知是：无论是“独立核算”还是“非独立核算”，分支机构都无需独立完成企业所得税汇算清缴工作。
《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）第二条规定：居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业（以下简称汇总纳税企业），除另有规定外，其企业所得税征收管理适用本办法（统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库）。
文件明确规定：除另有规定，总分机构的所得税征收法定实行汇总纳税，不区分是否独立核算。
4、其他税种
除了上述4大税种，分支机构应缴纳的其他税金，由各分公司独立完成申报缴纳，不区分是否独立核算。
三：为什么实际工作中有很多普通的不具备法人资格的分支机构自行完成所得税汇算清缴工作而没有进行汇总纳税？
《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）第二十四条规定：以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供本办法第二十三条规定相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行本办法的相关规定。
实际业务中，部分纳税人由于没有正确理解“独立核算”和“非独立核算”的概念，没有及时向税务机关提供相关的证明及所得税分配表，因此被视同为“独立纳税人”独立缴纳了企业所得税。由于地域税源之争的原因，分支机构所在地的税务机关往往不会主动予以提醒。这其实是纳税人的损失，毕竟，由总机构汇总缴纳企业所得税，企业可以做很多的筹划工作。
结语：分支机构选择“独立核算”和“非独立核算”，完全是企业内部管理的要求，无论是否独立核算，在税收管理层面上，没有任何区别。