《财政部、国家税务总局关于印发的通知》（财税〔2000〕91号）附件1《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》第四条规定，个人独资企业和合伙企业（以下简称企业）每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5％～35％的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
前款所称收入总额，是指企业从事生产经营以及与生产经营有关的活动所取得的各项收入，包括商品（产品）销售收入、营运收入、劳务服务收入、工程价款收入、财产出租或转让收入、利息收入、其他业务收入和营业外收入。
根据上述规定，个人独资企业收到的与生产经营有关的各项收入，包括从政府部门取得的补贴收入，减除成本费用及损失后的余额，应作为投资者个人的生产经营所得缴纳个人所得税。