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比对入库税款异常
自行申报入库是指纳税人申报后将税款直接缴入国库。但不论采取哪种方式缴纳税款，都是必须先由纳税人申报税款，因此，除税务机关入错预算科目外，只有纳税人申报错误，税款入库才会出现差错。那么，纳税人一旦将税款入错科目怎么办呢？笔者认为应该采取以下方法： 第一，涉及国、地税两个主管税务机关管理的税种之间差错时 ，如少入了增值税多入了营业税，因为，涉及两个主管税务机关，一方的《税款入库科目更正通知书》不能更正另一方税款入库科目的数字，因此，必须采取从一方主管的税种(多入税款的税种)申请退库，再给另一方主管的税种(少入税款的税种)入库。
多缴纳的税款可按征管法的规定向主管税务机关申请付给(退付)多缴期间银行同期存款利息，少缴的税款应按规定缴纳滞纳金。 第二，只涉及一个主管税务机关管理的税种时 ，要区别主管税务机关是否使用征管信息系统进行处理。
入库税款异常怎么办
(1)在主管税务机关未使用征管信息系统的情况下 ，因申报数据没有录入(导入)系统，可以对申报表进行更换，纳税人可征得主管税务机关的同意，退回纳税申报表，作废已填开的完税凭证，重新办理正确的申报和填开正确的完税凭证，由主管税务机关视同自身入错税款填开《税款入库科目更正通知书》送缴国库更正即可。
(2)在主管税务机关已使用征管信息系的前提下 ，因各项申报数据已经录入(导入)系统，如若采取上述更正方法，还得冲出征管信息系统中的相关数据，手续比较麻烦，所以，一般应采取退库再重新入库的办法进行更正。
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