区别一：开票单位的区别
增值税专用发票一般只能由增值税一般纳税人领购使用，小规模纳税人需要使用的，须由税务机关批准后由当地税局代开。到目前为止，只有住宿业、鉴证咨询业、建筑业、工业及信息传输、软件和信息技术服务业增值税小规模纳税人纳入了可自行开具增值税专用发票的试点范围，这7个行业的小规模纳税人除了销售其取得的不动产的增值税专用发票需要找税局代开外，可以自行开具增值税专用发票。
普通发票由从事经营活动并办理了税务登记的各种纳税人领购使用，甚至未办理税务登记的纳税人也可以向税务机关申请领购普通发票，没有特定的主体要求。
区别二：抵扣
增值税专用发票不仅只是购销双方的收付款凭证，还可以用作购买方抵扣增值税的凭据。普通发票中，运费、收购农副产品、废旧物资的可以按法定税率抵扣，税控设备和维护费可全额抵扣，其他的一律不可以抵扣。
区别三：纳税
增值税一般纳税人，只要发生应税销售，不论是开具增值税专用发票和普通发票，都是要征收增值税的，要进行纳税申报，至于缴纳数额要由取得可抵扣的进项税额的多少决定。小规模纳税人如果月销售不超过3万或季销售额不超过9万是免征增值税的。而且小规模纳税人增值税征收采用简易征收法，除了销售不动产采用2%的征收率外，其他按3%征收率征收增值税，只要销售额超过上述范围，就按这个征收率缴税，与是否取得普票还是专票无关。
另外，还有一些关于增值税的相关问题，本文一并做出解答。
17%增值税发票什么意思？
17%增值税发票是指增值税税点为17%的发票，因为增值税的税率根据业务有不同的税点。交纳17%的增值税的行业主要有：销售货物、提供应税劳务、动产租赁行业。其中销售货物中部分农产品，适用11%增值税率。
普通发票3%需要交税吗？
小规模纳税人开具3%的增值税普通发票，季销售额不超过9万免征增值税。否则不能免征增值税。