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行程确认单能作为报销凭证吗可以的。
机票行程单正式上线是旅客购买国内航空运输电子客票的付款及报销的凭证。对于行程单来讲，它既是专用发票，又是运输凭证，还是航空运输合同成立的初步证据和记名式有价证券(票证)。
根据《国家税务总局中国民用航空局关于印发〈航空运输电子客票行程单管理办法(暂行)〉的通知》(国税发[2008]54号)规定，《行程单》作为旅客购买电子客票的付款凭证或报销凭证，同时具备提示旅客行程的作用。
《行程单》纳入税务发票管理范围，中国民用航空局经国家税务总局授权，负责全国《行程单》的印制、领购、发放、开具、保管和缴销等管理工作。不符合规定的《行程单》，不得作为会计核算的原始凭证，任何单位和个人有权拒收，并向开票单位所属民航地区管理局及其派出机构或所辖地区相关主管税务机关举报。
办理行程单需要注意的事项1、《行程单》采用一人一票，不可重复打印，遗失不补。乘客可以在航班起飞前或起飞后7天之内在机票销售地或机场电子客票服务柜台领取《行程单》(有个别机场的电子客票柜台暂不提供打印《行程单》服务)。如果该机票未使用，则在一年有效期内都可以打印《行程单》。
2、如遇退票、改期、航班延误或取消等情况，若旅客已经取得打印过的《行程单》，需将其交回后方可办理有关手续(海航、上航特别规定一般情况下若《行程单》遗失不予办理退票)。
3、乘客可在机场航空公司柜台按其要求办理。
建议乘客妥善保管好自己的《行程单》。如无特殊情况，出行时无须随身携带，以防遗失。乘客也可根据自己的需要在航班起飞后7天之内打印《行程单》做报销凭证之用。
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