只要你将成本中用于简易项目和适用税率分开核算，适用税率部分的成本取得专用发票认证通过后均可以抵扣。比如，建筑业的新老项目，还有增值税条例下的适用简易征收的货物等等都是分开核算就可以。会计上严格按照财会〔2016〕22号新规即可。
同时也需要注意，有部分项目不得抵扣。
目前财政部、国家税务总局特殊规定不得开具增值税专用发票的简易征收项目
1、一般纳税人销售自己使用过的固定资产，凡根据财税〔2008〕170号和财税〔2009〕9号、财税【2014】57号等文件规定，适用按简易办法依3%征收率减按2%征收增值税政策的，应开具普通发票，不得开具增值税专用发票。
附注：根据国家税务总局公告2015年第90号文件规定，纳税人销售自己使用过的固定资产，适用简易办法依照3%征收率减按2%征收增值税政策的，可以放弃减税，按照简易办法依照3%征收率缴纳增值税，并可以开具增值税专用发票。
2、小规模纳税人销售自己使用过的固定资产，应开具普通发票，不得由税务机关代开增值税专用发票。
3、纳税人销售旧货，应开具普通发票，不得自行开具或者由税务机关代开增值税专用发票。
4、一般纳税人的单采血浆站销售非临床用人体血液，可以按照简易办法依照3%征收率计算应纳税额，但不得对外开具增值税专用发票（国税函〔2009〕456号）。
一般纳税人简易计税能开增值税专用发票吗？
除以下情形之外,适用简易计税方法的应税项目可以开具专用发票：
(1)属于增值税一般纳税人的单采血浆站销售非临床用人体血液,按照简易办法依照3%征收率计算应纳税额的；
(2)纳税人销售旧货的；
(3)销售自己使用过的固定资产,减按2%征税的；
(4)税收法规规定不得开具专用发票的其他情形。
建筑业一般纳税人简易计税开什么发票？
一、建筑业一般纳税人简易计税可以开增值税专用发票。
二、建筑业一般纳税人选择简易计税的规定
《营业税改征增值税试点实施办法》第十八条，一般纳税人发生应税行为适用一般计税方法计税。
一般纳税人发生财政部和国家税务总局规定的特定应税行为，可以选择适用简易计税方法计税，但一经选择，36个月内不得变更。
1、一般纳税人为甲供工程提供的建筑服务，可以选择适用简易计税方法计税。
甲供工程，是指全部或部分设备、材料、动力由工程发包方自行采购的建筑工程。
2、一般纳税人以清包工方式提供的建筑服务，可以选择适用简易计税方法计税。
以清包工方式提供建筑服务，是指施工方不采购建筑工程所需的材料或只采购辅助材料，并收取人工费、管理费或者其他费用的建筑服务。
3、一般纳税人为建筑工程老项目提供的建筑服务，可以选择适用简易计税方法计税。
建筑工程老项目，是指：
（1）《建筑工程施工许可证》注明的合同开工日期在2016年4月30日前的建筑工程项目；
（2）未取得《建筑工程施工许可证》的，建筑工程承包合同注明的开工日期在2016年4月30日前的建筑工程项目。
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