核算方式的选择
其实“独立核算”与“非独立核算”均属于会计层面的概念，无论选择哪种核算方式，都不会影响分公司的纳税情况。两种核算方式特点如下：
独立核算：
1、单独对业务经营活动过程及成果进行全面、系统的会计核算.
2、独设置会计机构并配备会计人员，有完整的会计工作组织体系.
非独立核算：
1、录部分经济业务
2、没有完整的会计凭证和会计账簿体系，全面核算任务由总机构完成.
也就是说，公司可以根据内部管理需求，如：管理的便捷程度、考核需要等，选择合适的会计核算方式。
企业所得税缴纳方式
实际上，税法有规定居民企业在中国境内跨地区设立不具有法人资格的营业机构的，应汇总计算并缴纳企业所得税。
也就是说，分公司无论怎么核算，都是要汇总缴纳企业所得税的。
(依据：《企业所得税法》第五十条、国家税务总局公告2012年第57号第二条)
分公司独自汇算清缴的误区
财务老李追问道：为什么实际工作中有许多分公司能够自行完成所得税汇算清缴工作而没有进行汇总纳税呢?
其实，分支机构在无法向主管税局提供下列资料的情况下，是应该视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税的：
1)汇总纳税企业分支机构所得税分配表;
2)总公司出具的有效证明，如：总机构拨款证明、总分机构协议或合同、公司章程、管理制度等，能够证明该分公司属分支机构身份的资料。
(依据：国家税务总局公告2012年第57号第二十三、二十四条)
而实务操作中，许多采用独立核算方式的分公司，就是由于进入了“核算方式影响纳税申报方式”的误区，以为独立核算则无需汇总缴纳企业所得税，进而没有及时向税务机关提供相关的证明资料及所得税分配表，也就被税局视为独立纳税人，独立缴纳了企业所得税。
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