收款金额如果与收到发票有差异要区分原因分别处理：
1、如果实际付款金额小于收到发票金额，而销售单位也不再收取剩余款项，则应当按照实际付款金额，分别计入采购材料的货值和对应的进项税额，超出票面的税额应当在认证后做部分进项转出；
2、如果实际付款金额小于收到发票金额，销售单位还要再收取剩余款项，则应当将尚未支付的货物价款和相对应的税金合计数计入应付货款
3、实际付款金额大于收到发票金额，就意味着对方货物尚未完全交付或者发票没有足额开具，采购方应及时追回相关物料商品及对应发票；
4、实际付款金额大于收到发票金额，并且对方也不再继续提供货物交付，则应当按照差额部分计入其他应收款，并敦促相关采购人员及时找供应商索要追回多付款项。
相关法律规定
《中华人民共和合同法》
第一百二十八条 当事人可以通过和解或者调解解决合同争议。
当事人不愿和解、调解或者和解、调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。涉外合同的当事人可以根据仲裁协议向中国仲裁机构或者其他仲裁机构申请仲裁。当事人没有订立仲裁协议或者仲裁协议无效的，可以向人民法院起诉。当事人应当履行发生法律效力的判决、仲裁裁决、调解书；拒不履行的，对方可以请求人民法院执行。