预缴税款和进项税额都属于购买方垫付的资金，在申报纳税时，都可以减少机构所在地税务机关的纳税额，但是他们在性质上有所不同，税务处理也不一样。
1、一般计税方法下，建安企业的应纳税额=销项税额-进项税额，应补税额=应纳税额-预缴税款，预缴税款=（取得的预收款-支付的分包款）÷（1+9%）×2%。
2、应纳税额代表建安企业欠税务机关的税金；应补税额代表建安企业欠机构地税务机关的税金；预缴税款代表异地施工给项目所在地分的一杯羹。
应纳税额与预缴税款没有任何关系，两者是相互独立的，共同影响应补税额。
3、从增值税申报表可以看出，预缴税款可以抵减应纳税额的前提是应纳税额必须大于零。如果建安企业存在期末留抵，已预缴的税款是无法得到抵减的，只能等待应纳税额为正的时候，再按照已预缴税款和应纳税额孰小的原则，进行抵减。
4、问题来了，一方面是建安企业存在较多的留抵税额，另一方面，由于异地施工的总分包差为正，还得在项目地预缴税款。在建安企业存在系统性留抵的情况下，预缴税款永远无法抵减，更不用说退税。
5、为了防止出现这种现象，财税〔2016〕36号文附件2第二条第（十一）款规定：一般纳税人跨省（自治区、直辖市或者计划单列市）提供建筑服务或者销售、出租取得的与机构所在地不在同一省（自治区、直辖市或者计划单列市）的不动产，在机构所在地申报纳税时，计算的应纳税额小于已预缴税额，且差额较大的，由国家税务总局通知建筑服务发生地或者不动产所在地省级税务机关，在一定时期内暂停预缴增值税。
6、全面推行留抵税额退税之后，符合条件的建安企业应当采取“先抵减预缴税款，再申报进项税额”的操作策略，以时间换效益，以预缴税款换留抵税额，留抵税额申请退税。