金税工程是国家电子政务“十二金”工程之一，从1994年上半年到2001年上半年，先后经历了一期和二期建设阶段。2008年，金税三期工程正式启动。
作为国家电子政务“十二金”重点工程之一，金税三期工程通过“一个平台、两级处理、三个覆盖、四类系统”的建设，将形成一个网络覆盖率100%，年事务处理量近100亿笔、税务机关内部用户超过60万人、纳税人及外部用户超过亿人（户）的全国税收管理信息系统。
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建设历程
金税三期是一个非常宏大的工程，整体上分为三个阶段，第一阶段为试点阶段，第二阶段为全面推广阶段，第三阶段为完善和验收阶段。
第一阶段：2009年~2014年底
2009年，国家税务总局全面启动金税三期工程第一阶段建设工作，应用软件的开发、测试，以及全国广域网及试点单位计算存储、安全等基础设施建设工作先后组织实施。
2013年2月，金税三期工程主要征管应用系统在重庆市国税局、地税局成功实现单轨运行。
2013年10月，金税三期工程核心征管系统、个人税收管理系统等应用在山西、山东全省国税局、地税局单轨上线运行。
2014年10月至年底，经过优化完善后的金税三期主要应用系统在广东、河南、内蒙古国地税正式上线运行。至此，金税三期第一阶段6个试点省、直辖市全部成功上线运行。2014年底金税三期工程第一阶段完成工程综合验收。
第二阶段：2015年~2017年底
2015年起，国家税务总局开展了金税三期主要应用系统在全国的推广工作，至2015年底，完成河北、宁夏、贵州、云南、广西、湖南、青海、海南、西藏、甘肃、安徽、新疆、四川、吉林等14省、自治区推广。
2016年7月上旬，辽宁、江西、福建、上海、青岛、厦门6省市完成正式上线运行。
2016年8月和10月，北京、天津、黑龙江、湖北、陕西、大连、江苏、浙江、宁波和深圳10省市分两批完成正式上线运行，从而实现了金税三期的“全覆盖”和“大合龙”。
这个全国统一的税收信息系统投入运转，标志着中国的税收管理步入“大数据”集成管理时代。
金税三期的特点是什么？一组数据或许可为这个宏大的工程“画像”：
税务总局和南海两大数据中心、近80万税务系统内部用户、9700万条法人登记信息、8亿自然人基础信息；连通12个部委机关、2个国家信息共享平台。每年可支持处理涉税业务超过100亿笔，提供24小时不间断技术支持。
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9大亮点
金税三期工程进行了业务和管理服务创新，主要有9大亮点：
运用先进税收管理理念和信息技术做好总体规划
从管理角度来看：建立基于信息管税的税收管理模式，以纳税人关系管理为核心，把纳税人价值获取作为建设和发展方向。
从技术角度来看：遵循顶层设计、业务导向、架构驱动的建设模式，紧紧围绕税务业务发展方向，从全局角度审视、设计工程体系框架。
统一全国征管数据标准和口径
通过对税收元数据和代码集的属性定义和标准规范，实现税收征管数据的“法言法语”，保证数据项标准、口径的唯一性。
实现全国征管数据大集中
采用“应用省级集中，生产数据在省局落地，然后集中至总局”的模式，并建立第三方信息共享机制，实时、完整、准确地掌握纳税人涉税信息和税务机构、人员情况。
统一国地税征管应用系统版本
按照标准化操作界面、标准化流程管理、统一权限管理、统一服务管理、统一数据模型、统一外部渠道等要求，面向税收业务、行政管理、外部交换和决策支持四类应用，设计并搭建一体化技术和应用环境，实现全国国税局、地税局征管应用系统的版本统一，为消除国地税业务办理间的障碍奠定了基础。
统一规范外部信息交换和纳税服务系统
构建全国统一的外部信息管理系统和交换通道，形成以涉税信息的采集、整理和应用为主线的管理体系，为风险管理提供外部信息保障。
规范国家税务总局、省局的纳税服务渠道、功能，形成涵盖办税服务厅、税务网站、纳税服务热线、自助终端、短信系统和企业端的一体化纳税服务平台，为纳税人和社会公众提供统一、规范的信息服务、办税服务、征纳互动服务。
实行遵从风险管理
引入先进管理理念，将提高纳税遵从度作为税收管理的战略目标。一是构建分类分级管理和技术框架，对纳税人实行分类、分级管理。二是建立可持续改进的遵从风险管理平台。按风险分析、排序、应对、评价的流程建立国、地税一体化遵从风险管理平台。
加强管理决策
根据业务特点和实际需要，实现税收数据的查询、监控以及深层次、多方位的分析和挖掘，督促、检查、监控税务人员服务、管理和执法全过程，为各级税务机关税收决策提供依据。
支持个人税收管理
建立承担纳税（费）义务的自然人信息库，覆盖个人所得税及社保费的核心业务，涵盖基础信息、收入信息等，实现全员建档、数据全国集中和信息共享。
强化数据质量管理
全面贯彻数据治理理念，通过事前审核监控、事后纠错调整和补偿业务等方式，及时更正数据差错，确保数据质量。
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促进规范化、法治化
金税三期不只是征管工具的改变，而且是管理方式的转变；不是单纯操作流程的优化，而是法治思维、工作规范和内控机制在流程节点上的再造、固化和统一。
“以行政处罚为例，过去我们习惯把‘责令限改通知书’和‘行政处罚决定书’合并送达，合并销号，但在‘金三’的流程设置中，必须严格对两类文书分别送达，分别销号。”江苏省苏州市某税局干部深刻感受到，“金三”的流程设置完全依据《税收征管法》等税收法律、法规，一切试图越过流程的操作都将被“金三”自动拦截，税收执法的程序合法性通过“金三”的操作流程监控得到了保障。
除了体现依法治税精神，金税三期工程也把税收征管、纳税服务、出口退税和国地税合作等规范镶嵌在软件中、固化在流程里，实现不规范操作有提示、违法行为有阻断和处理流程有跟踪。
“金税三期工程通过对业务需求规范及表单文书标准进行统一，且不允许随意更改，改变了以往部分文书‘机内机外两头做，各基层单位两样做’的情况。”“金三”统一涉税流程，减并表证单书，明确岗位职责，减轻了纳税人的办税成本。
“金三”带来的不仅仅是便捷，更是执法的程序化、规范化。如今在票种核定时，系统会自动启动最高开票限额的行政许可；在行政许可审批过程中，系统会自动启动调查询查工作流。这种固化、规范的工作流程，可以让税务人员执法更精准。
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走向税收共治
依托金税三期工程，企业涉税信息实现在区域间、层级间和部门间共享，有助于开展多层次、宽领域、跨区域的协作共治。与此同时，金税三期还建立了强大的外部共享渠道，可以与第三方对接，亦可与地方特色软件衔接，充分体现出系统开放性、共享性的特色，为深化信息共享、推动社会共治预留了广阔空间。
依托金税三期对海量数据的深度应用和持续优化，税务机关得以将以往分割孤立的数据拓展为囊括税务端数据、第三方数据、互联网数据和企业端数据“四位一体”的大数据源，打开海量税收数据这个富矿，并通过筛选、加工、整合和比对集中存储的数据，实现了对涉税风险的精准制导。
江苏省国税局以大数据为“千里眼”，研发数据情报管理平台，全面对接金税三期，实现互联网数据的智慧采集和运用，存储系统内外73个部门290亿条数据，建成包含模型、指标、项目和案例共计731项的风险识别库，实现涉税行业模型全覆盖、事中事后要求全覆盖和风险管理要点全覆盖。数据情报管理平台全年自动产生风险信息180多万条，全省风险应对成效逾260亿元。
大数据还将推动纳税信用体系建设。利用税收大数据，税务机关还可以跨领域、跨行业跟踪记录纳税人的投资、生产、分配和消费行为，通过清洗、整合和加工后，立体化地呈现一个企业的真实图像，从而评估纳税人信用情况，使税务机关的风险管控更具针对性，诸如“走逃户”等有过不良纳税信用记录的纳税人将“寸步难行”。
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如何识别纳税异常？
金税三期的上线，给企业安装了无形的监控与电子眼，企业账务风险、发票风险、预警风险越来越大，传统的税务稽查已经由“人查”、“账查”全面进入了大数据税务稽查时代。
1.“看”企业收入
如果你的企业少记了销售收入或是隐匿了一部分销售收入。那么金税三期可通过你的成本和费用来比对你的利润是否为负数，或是比对你开具出去的发票，收到的货款数额以及卖出的商品，或者进一步通过大数据，查询与你交易的下游企业的相关账本数据，比对出异常。
2.“观”企业成本费用
如果你的企业长期购进原材料或商品时暂估入库、企业购进原材料或商品为了价格低一点而不索要发票、企业计提了费用而迟迟没有费用发票。那么金税三期会比对你的每一笔支出数额，相应的商品或服务以及对应的发票，三者应该是一一对应的，若少了任何一项，都会被判定为异常。
3.“查”企业库存
一般来说，企业都会有库存，包括原材料库存和成品或半成品库存。而且库存量一般都在一个相对稳定的指标附近呈周期性波动。
金税三期大数据会先判断出的库存是否一直处于递减或递减状态，并进一步形成电子底账来比对你的库存，最后判断出异常。
如果你的企业销售了一批货物，货款也已进入到银行账户，收到的货款却迟迟没记入账中；如果你的企业取得了一些虚开的发票，而账户里面的资金却没有减少或减少额不匹配。
对于这些情况，以前只要账本调整的好，是很难识别出来的，可现在对于上述包括以下情形，金税三期系统都会进行分析并识别出异常：
企业当期新增应收账款大于收入80%、应收账款长期为负数；
当期新增应付账款大于收入80%；
预收账款减少但未记入收入、预收账款占销售收入20%以上；
当期新增其他应收款大于销售收入80%。
4.“算”企业应纳税额
若企业增值税额与企业毛利不匹配、企业期末存货与留抵税金不匹配；企业缴纳的附加税费，与增值税比对不一致等等，都可通过大数据就能识别出异常。