一、增值税
公司车辆加油时，员工先行垫付后到公司报销的，发生的加油费与生产经营有关的，未用于不得抵扣项目的是允许抵扣进项的；当企业租用个人车辆时，与他人签订租赁合同或协议的，若租赁合同或协议中明确规定租用的车辆发生的汽油费用支出由企业负担的，与企业生产经营相关且未用于不得抵扣进项税目的可以抵扣进项税额；公司员工报销加油费，属于职工福利的范围，其对应进项税额不得抵扣。报销时应注意：进项抵扣需取得公司抬头的专用发票。
二、个人所得税
个人用车购买燃油费应当由个人承担，根据《个人所得税法实施条例》第六条规定，工资、薪金所得，是指个人因任职或者受雇取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。因此，即便是员工拿了发票来报销与任职或受雇相关的“补贴”，也是需要并入当月的工资一并按照“工资薪金所得”缴纳个人所得税。很多税务稽查案例表明，税务局在稽查的时候，会特别注意各种实物补贴以及采用报销形式发放的各类补贴。很多企业对于各种实物补贴以及采用报销形式发放的各类补贴，没有依法扣缴与申报个人所得税，没有尽到扣缴义务人的法定义务，最后导致税务局依法进行处罚。
注意：对企事业单位实施公务用车改革发放的公务交通补贴， 很多地方都明确了扣除标准。如《河北省地方税务局关于个人所得税若干业务问题的通知》（冀地税发[2009]46号）规定：各单位向职工个人发放的交通补贴（包括报销、现金等形式），按交通补贴全额的30%作为个人收入并入当月工资薪金所得征收个人所得税。
三、企业所得税
属于报销的属于与生产经营有关的加油费当然是允许税前扣除。有人说“油卡充值性质普通发票”在没有实际消费前，不得税前扣除。其实，这种说法针对企业本身的汽车用油是正确的，但是针对于本身是员工补贴就不一定正确。在作为员工补贴的情况下，该项支出本身应该属于“工资薪金支出”，依照财税（2016）36号附件1规定，员工或雇员给任职或雇佣单位提供因为工资而发生的服务不属于增值税应税范围。依照《企业所得税税前扣除凭证管理办法》（国家税务总局公告2018年第28号）第十条规定：“企业在境内发生的支出项目不属于应税项目的，对方为单位的，以对方开具的发票以外的其他外部凭证作为税前扣除凭证；对方为个人的，以内部凭证作为税前扣除凭证。”因此，如果企业真实地反映为员工补贴的，是不需要发票作为税前扣除的；如果员工拿发票报销（包括预付性质的不征税发票），但是会计核算计入“应付职工薪酬-工资”以及税务方面按照“工资薪金支出”申报税前扣除的，是可以按规定进行扣除的。