1、首次明确缺陷责任最长不超过2年
缺陷责任期直接关系到工程质量保证金的返还时间，关系承包人切身利益。实践中，发包人经常有意或无意将工程质量保修期与工程质保金的返还挂钩，要求在工程质量保修期满后，方可返还质保金。但根据《建筑工程质量管理条例》规定，基础设施工程、房屋建筑的地基基础工程和主体结构工程的最低质量保修期限为设计文件规定的该工程的合理使用年限。因此，如果按照发包人的要求，那么质保金就要等到工程寿命结束才能收回，这显然是对承包人不公平的，由此也造成了大量的质保金返还争议。
虽然《老办法》中规定缺陷责任期一般为六个月、十二个月或二十四个月，具体可由发承包双方在合同中约定，但并未明确缺陷责任期的最长期限。在发承包双方未对缺陷责任期明确约定的情况下，质保金的到底应当何时返还。司法实践中各地法院对此的观点并不统一(以2年、5年作为质保金最长返还期限的案例均有出现)。本次新出台的《住房和城乡建设部财政部建设工程质量保证金管理办法》规定，缺陷责任期一般为六个月、十二个月或二十四个月，具体可由发、承包双方在合同中约定。
2、已缴纳履约保证金，不得同时预留工程质保金
《办法》第六条规定，在工程项目竣工前，已经缴纳履约保证金的，发包人不得同时预留工程质量保证金。采用工程质量保证担保、工程质量保险等其他保证方式的，发包人不得再预留保证金。其中，关于已缴纳履约保证金，不得同时预留工程质保金的规定，最先出自《清理保证金通知》；已采用其他保证方式，不得再预留保证金的规定，系之前《老办法》的原文规定。
根据2013 版施工合同示范文本，质量保证金的扣留方式，主要有两种：
(一)逐次扣留，即发包人在支付工程进度款时按比例逐次扣留；
(二)一次性扣留，即发包人在工程竣工结算时一次性扣留质量保证金。在合同双方未有另行约定的情况下，原则上则适用第一种方式，即在支付工程进度款时逐次扣留。这也是实践中发包人最经常采用的质保金扣留方式。但是，如果实践中承包人已按合同约定提交履约保证金，这一常规性的质保金扣留方式，将与《办法》中关于竣工前已缴纳履约保证金，不得同时预留工程质保金的规定发生冲突。从合法性考虑，今后发包人应尽量采用在工程竣工结算时一次性扣留质保金的方式，或采用在工程竣工验收合格后，要求承包人提交质量保函的方式。
3、预留工程质保金可由第三方托管
《办法》规定，社会投资项目采用预留保证金方式的，发承包双方可以约定将保证金交由“第三方”金融机构托管。虽然《老办法》中对工程质保金的托管已有类似规定，但《办法》本次特别强调了托管金融机构的“第三方”属性。希望通过第三方托管机构的监管，实现工程质保金的专款专用，避免质保金的延期返还，解决发包人挪用、滞留工程质保金导致施工企业权益损害的情况。但由于该规定并不具有强制性，实践中能否被顺利接受不容乐观。
在《办法》出台之前(特别是在《清理保证金通知》出台后)，部分省份对于工程质保金的第三方托管已有比较具体措施。例如吉林省规定，质保金应存入第三方金融机构托管，并签订《建设工程质量保证金托管协议书》。建筑工程竣工验收前，施工单位应当在第三方金融机构开设专门账户，并按照本办法规定的标准将质量保证金存入，对未结算完成的工程，建设单位可从工程结算价款中一次性划拨存入施工单位开设的账户。质保金仅用于支付由于承包方原因造成的缺陷而进行维修的费用，任何单位和个人不得挤占、挪用。建筑工程质量监督机构对质量保证金的使用、退还实施统一监督管理。
4、增加逾期返还工程质保金的违约责任
《办法》第三条规定，发包人应当在招标文件中明确保证金预留、返还等内容，并与承包人在合同条款中对涉及保证金的下列事项进行约定：
(一)保证金预留、返还方式；
(二)保证金预留比例、期限；
(三)保证金是否计付利息，如计付利息，利息的计算方式；
(四)缺陷责任期的期限及计算方式；
(五)保证金预留、返还及工程维修质量、费用等争议的处理程序；
(六)缺陷责任期内出现缺陷的索赔方式；
(七)逾期返还保证金的违约金支付办法及违约责任。其中，第(七)项是本次《办法》新增内容。
质保金作为工程款的一部分，逾期未支付时通常应适用于工程合同中关于发包人逾期支付工程款的违约责任。在当前工程施工行业处于买方市场的情况下，单独约定高于逾期支付工程款的违约责任，对承包人来讲并不太现实。比较符合实际的作法是，国家相关部门在制订新的工程合同示范文本时，设定逾期返还工程质保金违约责任的规范条款，以逐渐推广适用。