你以为认证了就代表抵扣成功？这种想法很危险！
1、认证不代表就抵扣了
认证有期限，自2017年7月1日起，增值税一般纳税人取得的2017年7月1日及以后开具的增值税专用发票，应自开具之日起360日内认证或登录增值税发票选择确认平台进行确认。
有些纳税人光知道这个期限了却忽视了另外一个期限，也就是说把认证当成抵扣，心想着发票认证了、勾选了就完事了。
结果在次月申报期填写申报表时候就不填写这部分认证的数据，导致后面申报不上了。
根据《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（国税发〔2003〕17号）、《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函〔2009〕617号）文件规定，增值税一般纳税人认证通过的防伪税控系统开具的增值税专用发票，应在认证通过的当月按照增值税有关规定核算当期进项税额并申报抵扣，否则不予抵扣进项税额。
根据《国家税务总局海关总署关于实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法有关问题的公告》（国家税务总局海关总署公告2013年第31号）规定：对稽核比对结果为相符的海关缴款书，纳税人应在税务机关提供稽核比对结果的当月纳税申报期内申报抵扣，逾期的其进项税额不予抵扣。
如果你没有在认证次月填写申报表申报进项税，申报也是能通过比对的「申报数小于等于认证数」.
但是，以后你要补填写这部分不行了。首先技术上你补填肯定导致申报数大于认证数，申报系统无法比对通过，其次条文规定上你也不符合抵扣条件，一旦被发现就可能被转出还要补收滞纳金。
2、当期没有销项，认证的也可以抵扣；申报表体现为留抵。
有部分纳税人认证后不填写申报表有个原因就是她觉得我当期没开票，没有销项，那我就不抵扣，留着下期抵扣。
其实这种操作是错误的，抵扣需要认证次月就申报，就算当期没有销项，也要申报抵扣，申报表在你填写进项后会自动形成当期留抵，待到你下期有销项时候，你可抵扣的进项税会自动算上上期留抵数。
反而如果你不填写才会惹麻烦。
3、待认证或勾选确认的增值税扣税凭证，在规定时间内认证或勾选通过，但未按期申报，是否一律不得再抵扣？
这个其实需视情况而定。
一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证未按期申报抵扣的，经主管税务机关审核后允许继续申报抵扣进项税额。
这里的客观原因，国家税务总局公告2011年第78号 「国家税务总局关于未按期申报抵扣增值税扣税凭证有关问题的公告」规定
包括如下类型：
（一）因自然灾害、社会突发事件等不可抗力原因造成增值税扣税凭证未按期申报抵扣；
（二）有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押、封存纳税人账簿资料，导致纳税人未能按期办理申报手续；
（三）税务机关信息系统、网络故障，导致纳税人未能及时取得认证结果通知书或稽核结果通知书，未能及时办理申报抵扣；
（四）由于企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致未能按期申报抵扣；
（五）国家税务总局规定的其他情形。
主管税务机关审核无误后，发送《未按期申报抵扣增值税扣税凭证允许继续抵扣通知单》，企业凭《通知单》进行申报抵扣。
当然如果你是主观原因造成的，比如会计人员不知道，遗忘，那就不符合上述要求了。