一、个人所得税
（一）上市公司限售股VS流通股
1、流通股转让
对个人在上海证券交易所、深圳证券交易所转让从上市公司公开发行和转让市场（二级市场）取得的上市公司股票所得，继续免征个人所得税。
在个人转让股票时，按照先进先出的原则计算【持股期限】，即证券账户中先取得的股票视为先转让。应纳税所得额以【个人投资者证券账户】为单位计算，持股数量以每日日终结算后个人投资者证券账户的持有记录为准，证券账户取得或转让的股份数为每日日终结算后的净增(减)股份数。
——《财政部 国家税务总局 中国证券监督管理委员会关于个人转让上市公司限售股所得征收个人所得税有关问题的通知》（财税[2009]167号）和《财政部 国家税务总局 证监会关于个人转让上市公司限售股所得征收个人所得税有关问题的补充通知》(财税[2010]70号)
2、限售股转让
自2010年1月1日起，对个人转让限售股取得的所得，按照“财产转让所得”，适用20%的比例税率征收个人所得税，以每次限售股转让收入，减除股票原值和合理税费后的余额，为应纳税所得额。计算公式如下：
公式一：有原值的情况
应纳税所得额=限售股转让收入-(限售股原值+合理税费)
公式二：无原值的情况
应纳税所得额=限售股转让收入*(1-15%)
应纳税额=应纳税所得额×20%
（二）新三板挂牌公司原始股VS非原始股
1、转让非原始股
自2018年11月1日(含)起，对个人转让新三板挂牌公司非原始股取得的所得，暂免征收个人所得税。
2、转让原始股
（1）对个人转让新三板挂牌公司原始股取得的所得，按照“财产转让所得”，适用20%的比例税率征收个人所得税。
（2）2019年9月1日之前，个人转让新三板挂牌公司原始股的个人所得税，征收管理办法按照【现行股权转让所得】有关规定执行，以股票受让方为扣缴义务人，由被投资企业所在地税务机关负责征收管理。
（3）自2019年9月1日(含)起，个人转让新三板挂牌公司原始股的个人所得税，以股票托管的证券机构为扣缴义务人，由股票托管的证券机构所在地主管税务机关负责征收管理。（更便于实务征收）
（三）通过沪港通、深港通转让投资香港联交所上市股票
对内地个人投资者通过沪港通、深港通投资香港联交所上市股票取得的转让差价所得和通过基金互认买卖香港基金份额取得的转让差价所得，自2019年12月5日起至2022年12月31日止，继续暂免征收个人所得税。
政策依据——《财政部 税务总局 证监会关于继续执行沪港、深港股票市场交易互联互通机制和内地与香港基金互认有关个人所得税政策的公告》（财政部 税务总局 证监会公告2019年第93号）
对内地企业投资者通过沪港通、深港通投资香港联交所上市股票取得的转让差价所得，计入其收入总额，依法征收企业所得税。
政策依据——《财政部 国家税务总局 证监会关于沪港股票市场交易互联互通机制试点有关税收政策的通知》（财税[2014]81号）和《财政部 国家税务总局 证监会关于深港股票市场交易互联互通机制试点有关税收政策的通知》（财税[2016]127号）
二、增值税
1、 转让“上市公司”股票
财税〔2016〕36号附件3《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》第一条第(二十二)项第5目规定，个人从事金融商品转让业务免征增值税。所以个人转让其从二级市场上购买的上市公司股票免征增值税。
2、转让“新三板”股票
鉴于新三板企业虽是公众企业，但其股票不具备二级市场自由转让特性，还并非真正意义上的上市公司。新三板股票不具备二级市场自由转让的“金融商品”特征，而更多具有的“股权”属性，新三板股票转让暂未纳入增值税征收范围。
3、转让“限售股”
根据《国家税务总局关于营改增试点若干征管问题的公告》(国家税务总局公告2016年第53号)规定，公司首次公开发行股票并上市形成的限售股，以及上市首日至解禁日期间由上述股份孳生的送、转股，以该上市公司股票首次公开发行的发行价为买入价。卖出价为卖出原价，不应扣除佣金、印花税及其他费用。纳税义务发生时间为限售股所有权转移的当天。转让限售股出现的正负差，按盈亏相抵后的余额为销售额。
最后，不论是个人、合伙企业还是公司转让在二级市场取得的上市公司股票还是从新三板市场取得股票均需按千分之一的税率缴纳印花税。