首先，企业缴纳的土地增值税通过“应交税费——应交土地增值税”科目核算，但对方科目因房地产用途及转让主体不同，一般记入“税金及附加”、“固定资产清理”和“资产处置损益”等科目。企业实际缴纳土地增值税时，借记“应交税费——应交土地增值税”科目，贷记“银行存款”科目。
1.一般工商企业转让土地使用权连同地上建筑物及其附着物一并在“固定资产”科目核算的，转让时应缴纳的土地增值税作这处置固定资产过程中发生的一项费用，记入“固定资产清理”科目。
借：固定资产清理
贷：应交税费——一应交土地增值税
2.一般工商企业转让作为无形资产核算的土地使用权应缴纳的土地增值税，在“资产处置损益”科目核算。转让土地使用权时，按实际收到的金额扣除无形资产的账面价值和应缴纳的土地增值税、增值税和附加后，转让损益记入“资产处置损益”科目。
借：银行存款
累计摊销
无形资产减值准备
贷：无形资产
应交税费——应交增值税
应交税费——应交城市维护建设税
应交税费——应交教育费附加
应交税费——应交土地增值税
资产处置损益
3.一般工产企业转让投资性房地产应缴纳的土地增值税等税费，记入”税金及附加“科目。
借：税金及附加
贷：应交税费——应交增值税
应交税费——应交城市维护建设税
应交税费——应交教育费附加
应交税费——应交土地增值税
4.房地产开发企业销售自行开发建造的商品房时，应将确认的应缴纳的土地增值税记入”税金及附加“科目。
借：税金及附加
贷：应交税费——应交土地增值税
房地产开发企业按规定预缴的土地增值税，借记”应交税费——应交土地增值税“科目，贷记”银行存款“科目；待房地产转让（销售）收入实现时，再按上述会计处理方法进行处理。开发的房地产项目按规定进行清算，收到退回多缴的土地增值税时，借记”银行存款“科目，贷记”应交税费——应交土地增值税“科目；补缴土地增值税时，作相反的会计分录。