我们知道，如果是一般纳税人在抵扣进项税的时候多数情况下，是依据增值税的专用发票，按照发票上的税额来抵扣。
比如一般纳税人企业采购货物时，通常情况下可以抵扣的税率为13%，而很多农产品适用的税率为9%，这是因为这些农产品基本上都属于低税率的产品。
在增值税暂行条例中，对这些货物所适用的税率为低税率：
1.粮食等农产品、食用植物油、食用盐；
2.自来水、暖气、冷气、热水、煤气、石油液化气、天然气、二甲醚、沼气、居民用煤炭制品；
3.图书、报纸、杂志、音像制品、电子出版物；
4.饲料、化肥、农药、农机、农膜；5.国务院规定的其他货物。
因此，一般纳税人的企业在采购农产品时，可以抵扣进项税的税率就是9%。
具体是哪些票据呢？
1、一般纳税人开具的专用发票
取得一般纳税人开具的增值税专用发票，所抵扣的就是发票上注明的增值税额为进项税额。
这种情况下，企业所采购的上游单位一定是增值税一般纳税人，同时，对方如果属于可以享受农产品销售的免征增值税的优惠，必须要放弃免税才可开具税率为9%的专用发票。
2、海关进口专用缴款书
企业从国外进口农产品，所取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额。所抵扣的进项税额就是进口环节的增值税额。
3、小规模纳税人开具的专用发票
企业如果从小规模纳税人那里采购农产品，所取得的发票就是按照简易计税方法依照3%征收率的增值税专用发票，此时以增值税专用发票上注明的金额（不含税）和9%的扣除率计算进项税额。
由于目前小规模纳税人适用3%征收率的项目是可以享受免征增值税的优惠，因此企业想要抵扣进项税，需要该小规模纳税人放弃免税，开具3%征收率的专用发票，当然这种情况下，小规模纳税人是需要按照3%征收率来缴纳增值税，由于增值税是间接税的特点，这个税款实际上也是由购买方来承担的。
当然了，按照3%交税，按照9%来抵扣，对于采购方来说一定是划算的。
需要提示的是，小规模纳税人开具的普通发票是不可以计算抵扣进项税的。
4、农产品销售发票
这种农产品销售发票就是普通发票，常见的是增值税电子普通发票，上面会写着的免税字样，这是由于农业生产者所销售的自产自销的农产品属于增值税的免税范围。
企业取得这类发票可以抵扣的进项税额为发票金额的9%，属于计算抵扣的方式。
5、农产品收购发票
这类发票是极为特殊的，它是由购买方在向农业生产者采购农产品时自行开具，也称为自开票，目前均以普通发票的形式存在，上面会写收购字样，常见的就是带有收购字样的农产品增值税电子普通发票。#农产品
企业取得这类发票可以抵扣的进项税额为收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额，同样属于计算抵扣的方式。
6、加计抵扣
企业购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，可以在生产领用环节加计扣除1%。
也就是对农产品进行深加工了，在以上的几种抵扣进项税之后，再多抵扣进项税的方式，这种计算抵扣则不需要发票，是直接计算抵扣，该进项税额需要从产品的成本中扣除。
为了更好地理解哪些属于农产品的深加工，我们要知道农产品的初加工，在财税【2008】149号中有详细的列示，比如这些加工过程：清洗、分割、脱水、干燥、发酵、分级、包装等，对农产品的性状没有进行改变。如果是深加工，比如，将肉做成了罐头、将鸭蛋腌制了、将鲜奶做成了酸奶等。
最后需要提示的是：如果农产品为核定扣除，则不再凭扣税凭证直接抵扣增值税进项税额。