1、企业应于扣除款项后进行工资的计提：
借：管理费用——职工工资(根据费用所属部门计入相关科目)
贷：应付职工薪酬——应付职工工资(扣除款项后的应付工资金额)
2、企业支付职工工资：
借：应付职工薪酬——应付职工工资(扣除后的工资)
贷：银行存款
在工资中扣除职工款项，应当于扣除款项后通过“管理费用”等科目以及“应付职工薪酬”等科目进行工资的核算。管理费用是指企业行政管理部门为组织和管理生产经营活动而发生的各种费用。应付职工薪酬是企业根据有关规定应付给职工的各种薪酬。
工资被克扣的处理方式如下：
1、与用人单位协商。如果被克扣工资，可以先与用人单位负责人了解情况，询问原因，可以选择与负责人私下和解，协商解决；
2、向劳动纠纷调解委员会申请调解；
3、向劳动监察大队投诉；
4、向劳动争议仲裁委员会申请仲裁等。
法律依据：
《劳动合同法》第三十条
用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
一般来说，一份工资条通常包括如下项目：职工姓名、基本工资、职务工资、福利费、住房补贴、计税额、应发工资、实发工资等。工资条不仅对认定企业是否按时发放工资起到凭证作用，而且在产生纠纷时，可以作为劳动仲裁的重要依据。
根据我国《工资支付暂行规定》，用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。用人单位在支付工资时应向劳动者提供一份其个人的工资清单。依据这一规定，企业不发工资条属违法行为。