首先，我们需要知道的是，根据《中华人民共和国个人所得税法》规定，企业或单位在发放个人收入时，需要按照规定扣预扣预缴税款。在其中，对于工会经费的扣除比例，根据最新的政策规定，为企业职工总工资的2%。也就是说，当企业每年为全体员工支付的工资总额为100万元时，可以扣除工会经费2万元。
然而，在进行所得税汇算清缴的过程中，工会经费也需要被适当地计算在内。在这个过程中，根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第40条规定，属于税前所得的工会经费，可以在缴纳个人所得税的过程中，给予一定的扣除。具体来说，根据工会经费缴纳凭证，以全年1%的比例予以扣除。
需要指出的是，由于不同企业的经营状况、行业特点和员工福利水平不同，工会经费扣除比例可能存在一定的差异。例如，在一些薄利多销的制造业企业中，其工会经费的比例可能会相对较低，而在高利润行业或高福利企业中，这一比例可能相对较高。税务部门将会根据企业实际情况，进行相应的比例调整。
总体来讲，对于企业和员工来说，工会经费的扣除比例明确、规范，不但可以有效控制企业税务负担，更能切实保障员工的基本权益和福利。在今后的发展中，期望税务部门和企业方面能够进一步加强配合，开展更有效的税收管理和企业发展，从而为我国的经济建设和社会和谐做出重要的贡献。