首先，我们要明确一个概念——“申报费用”。申报高新技术企业需要支付的费用一般包括两部分，一部分为政策咨询费用，即咨询顾问或中介机构收取的咨询、评价等费用，另一部分为申报费用，即用于支付评审机构审核、认证等的相关费用。
对于这些申报费用的记账方式，则需要根据不同的具体情况而定。对于政策咨询费用，企业可以将其列入“管理费用”中，并在日常的账务管理中进行处理；而对于申报费用，则可以将其列入“科研费用”中，并在税务申报时进行抵扣。
需要注意的是，在记账过程中，企业必须保证费用的真实性、合法性和合理性，并与相关证明文件进行核实和对账。如果发现有部分费用存在虚假或不合理情况，则可能导致企业的申报被驳回或被查处相关问题。
此外，在申报高新技术企业时，企业还需要注意一些其他的费用。例如，申报过程中可能涉及到专利申请费用、知识产权费用等。这些费用可能需要单独计算和处理，并列入相关的科研费用或管理费用中。
总的来说，在申报高新技术企业过程中，费用的记账和管理都是非常重要的环节。企业需要理性、合理地进行费用核算和记录，做好相关证明文件的保存和备案，以便于日后进行核查和查询。
同时，企业还应当注意合理规避和防范相关的风险。例如，在选择政策咨询或评价机构时，要注意选择有资质、有信誉、有经验的机构。在支付费用时，应当谨慎核实收款方的合法性和真实性，避免发生诈骗或安全问题。在进行税务申报时，应当严格按照相关的规定进行，避免产生税务风险。
在总体上，申报高新技术企业涉及到的诸多方面是非常复杂和细致的，需要企业进行全面、周到的考虑和规划。在对费用记账和管理时，企业应当根据实际情况，选择合适的方式进行处理，并注意遵守相关的法规和规定，以确保企业的正常经营和发展。