首先，需要明确的是被合并企业的少数股东权益是什么。他们持有的股份比例相对较小，通常不足20%。因此，在合并中他们的意见往往难以得到充分的体现和保障。同时，在合并后，他们的利益也可能因为企业整合而受到损失。
为了保护被合并企业的少数股东权益，这些权益通常会与其他的股东权益进行合并抵消。合并抵消的具体方式有很多种，其中比较常见的包括以下几种：
第一种，通过股份转让来实现权益合并。具体而言，被合并公司的少数股东权益可以转让给其它的股东，或者直接卖给合并公司，以此实现权益的合并抵消。这种方式相对来说比较容易操作，但需要注意的是，转让价格必须是公允的，不得损害被转让股东的利益。
第二种，通过现金支付来实现权益合并。具体而言，合并公司可以向被合并公司的少数股东支付一定的现金补偿，作为权益合并的代价。这种方式确保了被合并公司的少数股东能够得到公平的对价，但需要注意的是，补偿金额必须足够，并且应与市场价格相符。
第三种，通过股票奖励来实现权益合并。具体而言，合并公司可以向被合并公司的少数股东发放一定数量的自身公司的股票，作为权益合并的奖励。这种方式可以增强被合并公司的少数股东与合并公司的利益联系，但需要注意的是，发放数量和价值必须与合理。
被合并企业的少数股东权益如何合并抵消，是合并过程中需要解决的重要问题。其本质是为了保障少数股东的合法权益，以及实现企业合并的顺利进行。