首先，资本公积部分是指股东向公司注入的超过实收资本的部分，它作为公司财务稳健性的重要保障，一般用于弥补亏损、增加资本金、支付股息等。在股权转让中，如果转让价格高于股权的初始成本，就需要对其中的资本公积部分进行处理。
根据《企业所得税法》和《中华人民共和国个人所得税法》的规定，对于股权转让中的资本公积部分，可以享受税前扣除的政策。具体说来，可以通过在纳税申报时将资本公积转回资本金账户的方式来实现税前扣除。
具体操作步骤包括：1、确认转让交易的价款；2、计算出资本公积部分的占比；3、将资本公积按照占比转回资本金账户；4、在纳税申报时申报资本公积的扣除。需要注意的是，在转回资本金账户时需要按照股权转让交易的方式和协议来进行处理。
另外，需要注意的是对于没有筹资需求的公司，其股权转让所得的资本公积部分一般不会直接转回资本金账户中。这种情况下，应该在企业所得税纳税申报时将该部分纳税申报，以避免后期出现税收问题。
总之，股权转让过程中的税前扣除问题不仅涉及到资本公积的处理，还需要考虑到税收政策的规定以及转让交易的具体方式和协议。因此，在进行股权转让交易前，必须了解相关的法规和程序，以避免带来不必要的麻烦和损失。