首先，商业保函是由商业机构之间签订的协议，其中一方为了履行契约义务或承诺，需要保证其履行能力之信用函，而银行保函则是由银行出具的，银行作为担保人进行担保。商业保函适用范围较为狭窄，仅适用于商业交易，而银行保函适用范围更广泛，可以用于建设工程、质量担保、诉讼担保等方面。
其次，商业保函一般用于国内交易，需要的保证金较低，而银行保函一般适用于国际贸易，需要的保证金较高。这是因为银行承担的风险更大。银行保函作为银行的主营业务，需要与其它国际金融机构进行交易，因此其标准比商业保函更为严格。
第三，商业保函与银行保函所涉及的法律条款和信用担保的范围不同。商业保函的内容一般涉及本金、利息和违约金的支付，对信用担保的范围有限；银行保函更为广泛，在项目交易、货物贸易、工程施工等环节中发挥的作用更为重要，资金流向也显得更为复杂。
第四，商业保函一般对保函发行人没有严格要求，但银行保函需要保证银行有实力进行担保，不得有违法行为。但是，在国际金融市场中，由于存在一些风险，银行还需要对保函信用承诺符合国际惯例。
第五，商业保函旨在维护各交易双方的利益，在交易双方之间发挥其信用担保作用，其期限为单次交易时长，而银行保函则可以用于多个项目，通常分为短期保函和长期保函。
综上所述，商业保函和银行保函所适用的场景、要求和标准都存在差异。因此，在具体情况下，需要在保函与银行之间进行选择。无论选择商业保函还是银行保函，都应该根据具体情况综合考虑，以最大程度保护各方的合法权益。