首先，在工程款多开票的情况下，应该及时记录每次开票的金额以及日期，以便将来能够准确地核对收支情况。可以通过记录工程款多次开票的日期、金额以及其它必要信息，建立一个专门的工程款多开票的账户，将多次开据发票的资金存入该账户。
其次，对于工程款多次开票的情况，应该加强与财务人员的沟通，及时通知财务人员每次开票的情况。这样一来，财务人员也能及时核对每次开票的合法性及其与合同约定的一致性，确保收支情况正确无误。
另外，在记账的时候，需要特别注意开票日期是否符合税务要求，不要发生滞纳金等违规情况。同时，在纳税方面也应该了解清楚相关法律法规，确保每次开票都能够遵照税法规定正确交税，避免财务风险。
最后，数量较大的工程项目可能会牵涉到一些复杂的业务往来，业务拆分、合同调整、账务分摊等需要用到专业会计知识来确保账务准确，企业可以考虑外聘会计或者对内进行培训等措施，确保做账准确。
综上所述，针对工程款多次开票的情况，我们应该建立专门的账户分别登记每次开票的金额、日期等记录。同时，及时通知财务人员每次开票的情况，遵循税务法规，并学习相应的会计知识，做好账务准确性的核对工作。这些措施将为企业的财务管理提供更为可靠的基础。