首先，旅行社差额征税是根据旅游服务的收入额和以获取收入为目的支出而计算的。因此，在差额征税申报时，旅行社需要对其开展的旅游业务进行统计，包括旅游线路、旅游产品、酒店、机票等收入，同时还需要对其收入相关的各项支出进行统计，如人员工资、市场推广费用等。
其次，在统计完毕旅游服务的收入和支出后，旅行社需要进行纳税计算。差额征税的计算公式为：实际销售额×（1-适用税率÷（1+适用税率））-实际销售额×适用税率。其中，实际销售额是指旅行社实际销售的旅游产品的金额。适用税率则是根据旅游产品的不同类别和行程时长而定，可参考财政部规定的税率表。
完成差额征税计算后，旅行社需要填写并提交《增值税纳税申报表》。在该表中，旅行社需要对其本期应纳税额、本期已缴纳税款等进行填报，同时需要提供差额征税计算表明细和各项凭证材料等。
最后，旅行社需要根据税务局的要求，缴纳相应的差额征税款项。一般而言，如果旅行社未及时缴纳差额征税款，则会面临罚款、滞纳金等处罚。
总之，旅行社差额征税是一种常见的纳税方式，适用于提供旅游服务的企业。在差额征税申报时，旅行社需要对其旅游服务的收入和支出进行统计，并根据差额征税计算公式计算税款。最后，旅行社需要填写《增值税纳税申报表》，并缴纳相应的差额征税款项。