首先，企业在选择物流公司时，应该注意是否具有增值税一般纳税人资格，如果有，则企业可将运费作为进项税额进行抵扣，从而降低企业支付的增值税额。
其次，企业还可以通过分拆发票的方式进行税收筹划。例如，一个物流公司将整个运费开具在一张发票上，企业支付的增值税就会相对较高。而如果将运费分成多个发票，每张发票金额较低，增值税也随之降低。
除此之外，企业还可以通过进一步协商物流公司，争取一定的运费优惠。例如，企业可以长期与物流公司合作，在运输量较大时，争取一定的价格优惠，以降低企业的成本。
另外，企业还可以选择适用19%和13%不同增值税税率的方案，具体根据物资的种类和运输距离等因素进行选择，以获得更多的税收优惠。
当然，进行税收筹划不仅仅是一项会计工作，还需要企业了解相关税法政策，制定出合理的税务策略，以确保企业能够在遵守法规的前提下，尽可能地降低税务负担。
总之，在选择物流公司、制定税务策略、优化运费结构等方面，企业都可以通过税收筹划的方式，降低运费增值税的税收负担，提高企业的经营效益。