土地增值税是指在城市土地市场上土地转让过程中因地价上涨而获得的非工资性收入，在我国被视为一种流转税。土地增值税的清算主要涵盖了土地批准使用前后的收益差额，可以抵扣的费用范围包括土地出让金、规划建设费、征地补偿金、环境治理费等。但是，对于招投标费用能否被清算扣除，从目前的法律规定来看，仍然存在争议。
对于招投标费用能否清算扣除的问题，首先需要看具体的立项文号。如果立项文号中明确规定了招投标费用可以被扣除，则可以在清算土地增值税时加以考虑。但是，在缺乏明确规定的情况下，成败归属和与土地增值有关的费用才能被扣除，包括招投标过程中所发生的公证费、中介机构获得的服务费等。
需要注意的是，即使立项文号未明确规定招投标费用可以被清算扣除，企业在实际操作过程中也应尽量将招投标费用与土地增值产生的相关性予以证明。例如，招标过程中的保证金和中标保证金可以被视为土地增值过程中的风险防范手段，有利于证明招投标活动与土地增值之间存在着一定的因果关系。
总的来说，招投标费用是否可以在土地增值税清算扣除并没有明确的规定。但是，在确保符合法律法规的前提下，企业应尽可能探索合理有效的证明手段，以确保所产生的费用能够受到应有的扣除待遇。同时，政府部门也应加强对相关政策和法规的解释和监管，为企业提供更加透明灵活的税务政策和服务。