首先，清包工施工单位需要了解营改增政策对开票的要求。根据相关规定，清包工施工单位需要在每个工作周期结束后开具增值税专用发票。发票上需要包含项目名称、工程量、单价、税率、发票抬头等信息。此外，发票需要在纳税人税务登记证明上标注。清包工施工单位的纳税人识别号也需要写在发票上。
其次，清包工施工单位需要掌握如何正确开票的流程。在选择开票方式时，施工单位需要结合自身实际情况，选择合适的开票方式，包括手工开票和电子发票两种方式。手工开票需要仔细核对每一项信息，确保发票的准确性。电子发票则需要清包工施工单位在开票系统上进行申请，并正确填写相关信息。开票成功后，还需要打印出纸质发票，妥善保管好发票相关资料。
另外，在进行开票过程中，清包工施工单位需要注重避免相关的纠纷。开具发票时，需要仔细核对每一项信息，确保发票表述准确无误。如果出现了纠纷，需要及时联系相关主管部门和税务机关，寻求合理解决方案。
总的来说，清包工施工单位在营改增后需要了解开票相关政策要求，掌握开票的各项流程，以及避免相关的纠纷。只有在对开票的流程和规定有了深入的了解后，清包工施工单位才能更好地开具发票，避免出现纠纷，并让施工过程变得更为顺畅。