在实际运作中，报关费用通常是由付款方委托给报关行代为操作报关手续，并产生报关费用、服务费等费用。报关行作为中介方，不仅要负责帮助客户完成清关手续流程，还要对费用的科目进行合理安排，逐笔核对费用，并及时做好费用的计入和结算工作。
报关费用主要包括：报关手续费、商检检疫费、港口综合费、舱单费、提货费、码头费、关税、增值税等一系列费用。进口费用主要由“增值税”和“进口关税”组成，其中增值税是计入“待摊费用”或“进口产品成本”的科目，而关税则是计入“应付关税”的科目进行核算。
同时，出口行业的报关费用也占有很大比例，主要包括出口商定期需要支付的报关手续费、代理费等。其中，报关手续费是指出口商付给报关行的费用，通常是按照货物的数量和价值进行计算，也可以根据不同货物的特点进行差别定价；代理费则是指报关行因为代理出口商完成货物报关而向其收取的服务费用。
总之，无论是进口还是出口，报关费用的核算和计入都是一个必须注意的环节。在企业运作过程中，对于报关费用的科目需要按规定进行核算和记录，避免因为费用的不合理、不规范计入而造成企业财务数据不真实、财务管理不规范的问题。