首先，需要明确的是，分公司独立核算与总公司存在着一种相互依存的关系。分公司是总公司的重要组成部分，其发展状况和经营成果直接与总公司的财务状况、经营效益等息息相关。因此，分公司的独立核算不能与总公司的核算完全脱离关系，必须在总公司的框架下进行。
其次，分公司独立核算的目的在于为总公司提供更加详细和准确的财务数据，为了方便管理人员根据分公司的财务状况进行策略性的调整。正是通过对分公司的独立核算，总公司才能真正了解各分公司的利润水平、运营状况以及资金运作等关键财务数据，从而更好的分析企业的短板与长板。
第三，分公司独立核算可以帮助总公司高效的实现对分公司的管理与控制。分公司是企业战略局部的实施者，其实施的战略与总部相同，但是实施的方法、管理模式就不同了。分公司从利润和费用方面入手进行了分门别类的核算，总公司可以根据分公司经营成果及费用分析得出有效的管理措施与优化方案，既可以保证总公司的利益也能更好地实现分公司的经营目标。
最后，分公司独立核算还可以为分公司的合法利益保障提供有效的保证。分公司经营模式的多样性，其在前期发展中存在着一定的风险。因此，分公司独立核算可以帮助其在经济利益的分配中得到更公正、合理、合法的保障，从而为分公司的稳步发展奠定坚实基础。
综上所述，分公司独立核算与总公司之间是一种相互依存的关系，虽然二者各分工作各司其职，各自作出贡献。但是最终还是要依靠两个组织之间的协调与合作，才能够实现企业整体的高效运营与良性发展。因此，总公司与分公司之间必须密切合作，相互沟通能够产生正向的思路，以厚积薄发的方式，共同为企业的发展和壮大添砖加瓦。