一、认定条件不同：
1、主要从事生产或提供应税劳务(特指加工、修理修配劳务)的：连续12个月应税销售额达到50万元以上的，必须认定为一般纳税人，50万以下的可以自行选择是否认定一般纳税人；
2、主要从事货物批发零售的：连续12个月销售额达到80万以上的必须认定为一般纳税人，80万以下的可以自行选择是否认定一般纳税人
3、主要从事营改增服务业的，连续12个月销售额达到500万元以上的必须认定一般纳税人，500万以下的可以自行选择是否认定一般纳税人
对于新成立的企业，如果没有专门向税务局申请认定一般纳税人的，都是小规模纳税人，到达以上法定限额的，必须到税务局申请认定一般纳税人，否则税务局会强制认定；没有达到以上限额的企业也可以向税务局申请认定
二、帐务处理上区别
(一)在购买商品时，如果对方开具增值税专用发票，两者处理存在不同
1、一般纳税人处理为
借：库存商品等
应交税金-应交增值税(进项税额)
贷：银行存款等
2、小规模纳税人为
借：库存商品等
贷：银行存款等
小规模纳税人不能抵扣进项税。
(二)在销售商品时，采用的税率不同。
1、一般纳税人：
借：银行存款(或应收账款)
贷：主营业务收入
应交税金--应交增值税(销项税额)
2、小规模纳税人：
借：银行存款(或应收账款)
贷：主营业务收入
应交税金--应交增值税
三、税收管理规定的区别：
1、一般纳税人：销售货物或提供应税劳务可以开具增值税专用发票;购进货物或应税劳务可以作为当期进项税抵扣;计算方法为销项减进项。
2、小规模纳税人：只能使用普通发票;购进货物或应税劳务即使取得了增值税专用发票也不能抵扣;计算方法为销售额×征收率。
四、税率与征收率不同：
1、一般纳税人：基本税率17%，税法还列举了5类适应13%低税率的货物，还有几项特殊业务按简易办法征收(参照小规模)。还有零税率应税劳务和货物；营改增之后增加了6%（营改增服务业）、11%（交通运输业）两档增值税税率，动产租赁营改增适用17%税率
2、小规模纳税人：统一适用3%增值税征收率。
一般纳税人和小规模纳税人的认定标准
1、销售额控制不同：小规模纳税人连续12个月销售额不能超过最高额度，超过后应转为一般纳税人；一般纳税人的销售额没有限额。
2、税率不同：小规模纳税人除出租、出售不动产征收率5%以外，其他都是3%；一般纳税人增值税分6%、11%、17%三档税率；
3、增值税计算方式不同：小规模纳税人应交增值税=含税价÷（1+征收率）×征收率；一般纳税人应交增值税=销项税-进项税；
4、开具增值税发票不同：部分小规模纳税人不能开具增值税专用发票或月销售额超过3万才能开具专票；一般纳税人可以开具增值税专用发票；
5、抵扣进项不同：小规模纳税人不能抵扣进项税，一般纳税人执行一般计税法的可以抵扣进项税。