证书性质不同安全员证书是一个上岗证。安全员负责安全生产的日常监督与管理工作，做好定期与不定期的安全检查，控制安全事故的发生。
注册安全工程师是一种执业资格证书。负责制定安全生产规章制度、安全技术操作规程和作业规程、制定从业人员安全培训计划等。
考试难度不同安全员A、B、C证的安全生产知识考试试题在住房和城乡建设部试题库中抽取，考试题型为客观题，省建设厅统一制卷。考试采取开卷形式，通过考试较为简单。而中级注册安全工程师考试是全国统一考试，考试科目分为公共科目和专业科目。公共科目包含《安全生产法律法规》、《安全生产管理》和《安全生产技术基础》三科，专业科目为《安全生产专业实务》，分为煤矿安全、金属非金属矿山安全、化工安全等七个专业。闭卷考试，考查内容专业性较强，通过难度较大。执业范围不同安全员A、B、C证在全国范围内有效，但仅能在建筑行业执业。中级注册安全工程师证书在全国范围内有效。2019年注安领域进行了改革，改革后将中级注安证书划分为七个专业，扩大了其执业选择范围。
管理部门不同安全员A、B、C证属于建筑三类人员证书。是住房与城乡建设部组织，由各省建设厅统一制卷进行的考试。考试合格后，一般由住房与城乡建设部颁发证书、进行管理。注册安全工程师考试是人力资源社会保障部、国家应急管理部负责资格制度的制定、指导、监督和检查实施。考试合格后由省（区、市）人力资源社会保障部门颁发由人力资源社会保障部统一印制、应急管理部和人力资源社会保障部共同用印的《注册安全工程师职业资格证书（中级）》，该证书在全国范围有效。