大的区别是：增值税专用发票可以进行认证抵扣，但普通发票就不可以。
发票，是指在购销商品，提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款项凭证。现行税制发票分为(普通发票)和(增值税专用发票)两大类.
普通发票是指增值税专用发票以外的纳税人使用的其他发票。
增值税专用发票只有增值税一般纳税人和税务机关为增值税小规模纳税人代开时使用。纳税人要从事正常的生产经营活动，一方面要向收款方索取发票，同时也要向付款方开具发票。特别是增值税制实行凭票抵扣税款制度，发票已不仅仅是商事凭证，也是税款缴纳和抵扣的凭证。
增值税发票也是发票的一种，具有增值税一般纳税人资格的企业都可以到主管国税部门申请领购增值税发票，并通过防伪税控系统开具.具有增值税一般纳税人资格的企业可以凭增值税发票抵扣增值税。
机票报销增值税普通发票和专用发票的区别
航空公司买机票，属于购进旅客运输服务，36号文规定，不得抵扣进项，所以是普票。找旅行社代买机票，属于经纪代理服务，企业作为一般纳税人可以要求开6专票。所以一般个人买机票是普票。开普通票与增值税票的单位一定是一般纳税人开普通票与增值税票，是根据客户而定。如果客户为小规模纳税人，那么只能开普通票；如果客户是一般纳税人，则可以开普通票，也可以开增值税票，也可以不开票。开普通票与增值税票，企业都要缴税，而且都为17％。
增值税普通发票税率有几种？
一般纳税人基本税率为17%； 低税率为13%。小规模纳税人征收率 2009-1-1以前商业小规模纳税人4%，其他小规模纳税人6%；2009-1-1变化小规模纳税人征收率不再划分行业，一律降至3%；此外，一般纳税人采用简易办法征税也适用4%或6%的征收率。