《会计基础工作规范》第五十五条会计机构、会计人员要妥善保管会计凭证。
从外单位取得的原始凭证如有遗失，应当取得原开出单位盖有公章的证明，并注明原来凭证的号码、金额和内容等，由经办单位会计机构负责人、会计主管人员和单位[*{a}*]人批准后，才能代作原始凭证。如果确实无法取得证明的，如火车、轮船、飞机票等凭证，由当事人写出详细情况，由经办单位会计机构负责人、会计主管人员和单位[*{a}*]人批准后，代作原始凭证。
会计工作，有时如刀尖上跳舞，小心翼翼、如履薄冰。《会计基础工作规范》这么说，财务处理上可以如此操作；但税务处理上，却存在灰色地带，至少心里是不踏实的。在以票管税的管理模式之下，这种不踏实感，更为强烈。
增值税专用发票丢失怎么处理，有明确的文件规定，各地做法基本统一。但增值税普通发票丢失了，怎么处理，我暂时还没找到税总一级的文件规定，各地做法存在较大差异。
1、国税总局：您说的情况，可依据《中华人民共和国发票管理办法实施细则》(国税发[1993]157号)第三十四条的有关规定进行处理：“开具发票后，如发生销货退回需开红字发票的，必须收回原发票并注明“作废”字样或取得对方有效证明；发生销售折让的，在收回原发票并注明“作废”字样后，重新开具销售发票。”
上述回复仅供参考。有关具体办理程序方面的事宜请直接向您的主管或所在地税务机关咨询。详见国税总局网站http://www.chinatax.gov.cn/n480462/n481054/n584991/7226154.html
2、辽宁省：依据辽宁省的文件规定，普通发票开具后丢失的，在取得丢失发票存根联复印件并加盖开票单位的财务专用章或发票专用章和丢失发票开票单位主管税务机关的证明后，允许入账。（大连市国税局网上资料中找到的）
3、山东省：购货方不能用增值税普通发票记账联复印件记账。详见山东省国税局网站 http://hudong.sd-n-tax.gov.cn/front/mailpubdetail.jsp?vc_id=ffa3ccad-6656-4b41-95b1-0d94cad05c69&sysid=003&sess=0
4、沈阳市：企业将已开具的普通发票丢失的，应由销货方到本企业所在地主管税务机关开具已抄报税证明单，连同发票记账联复印件一并交给购货方作为入账凭证。详见沈阳市国家税务局 纳税服务网http://218.25.99.67/sytax/lawhelp_main.do?id=2587
5、河北省：冀国税发〔2007〕156号河北省国家税务局关于印发《增值税普通发票管理办法（试行）》的通知，第十七条 对丢失已开具的增值税普通发票，购买方可凭销售方主管国税机关开具的《丢失增值税普通发票已报税证明单》（附件5）和记账联复印件到购买方主管国税机关验证相符后，凭记账联复印件及《验证结果通知书》作为记账凭证。
总得来说，在已出台具体文件规定的地方，处理方式还是较为一致的----到税务机关开具证明。但当出现跨地区业务就麻烦了，购货方有这样的文件规定，销售方没这样的文件规定，问题就在你推我我退你中，把人折腾得够呛。