1、有利于增加农民的收入，发展农村经济
近年来，由于多种原因，农民收入低且增长缓慢。虽然从表面上看税收绝对数额不高，但对低收入的农民来说，负担并不算小，农民负担不断增加。过重的负担挤占了农民家庭消费，直接影响了农民的生产生活。在农业增收难度加大的情况下，减负也是增收，逐步取消农业税就是间接增加农民收入。同时，取消农业税，对农民实施“零负担”政策后也将拆除一些地方政府借农业税“搭车收费”的平台，有利于农民保护自身利益，也有利于农民负担监督工作有效开展，从而促进农村经济的发展。
2、有利于缓轻农村社会矛盾
由于农业税的特定征收对象和现行农村的治理特点，只要农业税存在下去，基层政府与农业税的征收行为始终会难解难分的纠结在一起，而且某些基层政府把农业税的征收演化成了竭泽而渔式的恶性“收、养”机制，造成了农村干群关系长期以来的不可调解。农业税的取消无形地剥离了基层政府不规范权力的又一依仗，基层政府的行为将会逐步得到规范，有利于改善农村干群关系，缓轻社会矛盾。
3、有利于和谐社会的建设
社会主义和谐社会是建立在社会主义市场经济、社会主义民主政治、社会主义精神文明谐调发展的基础上的。“三农”问题作为社会发展的一个薄弱环节，在一定程度上制约了社会主义和谐社会的发展。因此，建设社会主义和谐社会必须解决“三农”问题。而农业税的全面取消有利于增加农民的收入、发展农村经济、缩小城乡差距和缓和农村社会矛盾等，从而促进社会主义经济、政治、文化的全面协调发展，加快社会主义和谐社会的建设。
全面取消农业税的负面效应
1、减少地方财政收入，制约农村基层政府功能发挥
农业税是地方收地方用，尤其是在农业主产区，农业税仍然是乡镇财政的主要收入来源，是基层政府的重要财力保障。因此，取消农业税使得乡镇政府的收入锐减，给贫困和欠发达地区带来了财政困难。而当前县级财政又普遍困难，难以挤出财力安排对乡镇、村转移支付。这样，乡镇一级政府受到财力约束，从而制约了农村基层政权功能的发挥。
2、农村公益事业难以发展
长期以来，我国农村公益事业的发展都是以农业税作为资金保障的。全面取消农业税造成了乡镇财政收入的严重减少，没有足够的资金来履行社会公共职能，直接影响到农村公益事业的长足发展。如没有乡镇财政支持，农业基础设施就无法新建和管理维护、农村合作医疗保健和农村社会保障制度就难以实施等。
3、农业新品种和技术服务推广更加困难
我国农村的新品种和技术服务推广一直以来都是举步维艰。一方面是由于新品种和技术推广一般都有很高的技术含量，需要较大的资金投入，而我国农民收入较低，没有足够的资金进行投资；另一方面，我国农民自古以来都是思想保守，不愿接受新事物，唯恐一旦尝试失败会造成经济损失。通常地方政府都是通过地方财政直接补贴或建立赔偿制度来缓解这些问题，而如今全面取消农业税，地方财政收入锐减，农业新品种和技术服务推广将更加困难。
4、农村义务教育和职业培训面临困境
农业税是农村义务教育的主要资金来源，农民是义务教育的主要投入者。取消农业税后，农村义务教育虽然由县、乡财政拨付，但县、乡财政缺口较大，拖欠教师工资的事时常发生，而县、乡拨付费用也难以及时到位。另外，许多县、乡为适应农村结构调整，引导农民致富，多次为农民举办各类职业技术培训班，向农民传授种植、养殖、栽培等多种生产技术，深受农民欢迎。现在资金来源中断，使得各类培训班无法继续开展下去，农民生产技能无法进一步提高，不利于农业长期高效发展。
农业税取消的真正原因
因为农民收入已经入不敷出，为了给农民留条活路，保留一些还愿意种粮食的人，所以取消了农业税。这是真实原因。
至于表面文章，是这样的：停止征收农业税是为了减少农民的负担，增加农民的公民权利，体现现代税收中的“公平”原则，同时还符合“工业反哺农业”的趋势。