对房屋征税的目的在于运用税收杠杆，加强对房屋管理，提高房屋使用效益，合理调节房屋所有人和经营人的收入。但从房产税的征收实践来看，暴露出房产税存在许多问题，这也正是要改革和完善的房产税的原因所在。
1.内外两套税制并存，导致纳税人税负不均。原房产税制，既有对内资企业和个人征收的房产税，又有对外资企业和外籍人员征收的城市房地产税。两套税制并存，征收对象相同，但由于历史原因计税依据和税率不同。，城市房地产税计税依据是房产原值，房产税计税依据是原值一次减除lo％至30％后的余值，对租金收入征收和税率，房产税是12％，城市房地产税是15％。为统一税法、公平税负，两税合一势在必行。
2.税收收入的增长缺乏弹性。不论是房产税还是城市房地产税，其计税依据和税率都是固定不变的。但从计税依据上看，房产原值在许多城市都与房产现行价值存在较大差距，这样就形成事实上的税基萎缩，税收收入的增长缺乏弹性。
3.税法本身规定不严密。以租金为计税依据，向房屋产权所有人征税的，实践中对房屋转租问题，较难确认纳税人。比如“二房东，转租现象，对“二房东”从中获得的收入，是否征收房产税，以及如何征税，缺乏法律依据。
4.税收调节目标过多，从征收实践看，很难做到。